فرضت أحداث نقابة الصيادلة والصراع الإخواني داخلها أزمة داخل اتحاد المهن الطبية الذي علق اجتماعاته تقريبًا حيث لم يعقد أي اجتماع منذ عام تقريبًا، كما تجنب الاتحاد مخاطبة نقابة الصيادلة بتشكيل هيئة مكتبها الجديد والاكتفاء فقط بالقيادي الإخواني د. محمود عبدالمقصود باعتباره أمين عام النقابة وعدم مخاطبة قيادات النقابة الجدد حتي لا يقع الاتحاد في أزمة حقيقية، وأن العمل يسير داخل اتحاد المهن الطبية برئاسة د. حمدي السيد وثلاثة من أعضاء هيئة المكتب وهم د. مراد عبدالسلام نقيب أطباء الأسنان ونائب رئيس الاتحاد ود. محمود عبدالمقصود أمين عام الاتحاد ود. نبيل العطار أمين صندوق الاتحاد. تدار أعمال الاتحاد منذ عام باجتماع هؤلاء الأربعة الذين يمثلون غالبية هيئة مكتب الاتحاد حضورًا وأهمية. كما فرضت أحداث نقابة الصيادلة أزمة داخل الاتحاد أمام الجهاز المركزي للمحاسبات بسبب وجود عشرة ملايين جنيه ديونًا علي الصيادلة لصالح الاتحاد وهو الأمر الذي جعل الاتحاد يبعد نفسه عن الأزمة لمحاولة الحفاظ علي أمواله لدي نقابة الصيادلة.