فيما مثل الحكم الصادر بإعدام القيادي بالجماعة الإسلامية عبد الحميد أبو عقرب "صدمة" للجماعة ما دفع قادتها للقول إن الحكم "غير متوقع وبه قدر كبير من الظلم"، فإن المحللين أبدوا تخوفاً من أن يؤسس الحكم مرحلة جديدة "يشوبها التوتر في علاقة الدولة بالأصوليين"، إذ إن إعادة محاكمة أبو عقرب كان ينظر إليها علي أنها ستفتح الباب أمام إعادة محاكمة 12 من القيادات الأصولية المحكوم عليهم بالإعدام في أحكام غيابية، إضافة إلي عشرات منهم صادرة ضدهم أحكام بالمؤبد، وهو الأمر الذي كان سيفتح صفحة جديدة في طريقة تعامل الدولة مع المتشددين الإسلاميين تمهيداً لاندماجهم في المجتمع، لكن الحكم بإعدام أبو عقرب قائد الجناح العسكري في صعيد مصر قد يعيد أجواء الاحتقان في نفوس الإسلاميين. من جهته عبّر منظّر الجماعة ناجح إبراهيم عن "صدمته" جراء الحكم بإعدام أبو عقرب، قائلا: الحكم كان غير متوقع لنا. مشيراً إلي أن المحكمة كان عليها أن تأخذ في اعتبارها أن أبو عقرب سلّم نفسه طوعاً رغبة منه في إنهاء ملف القضايا السابقة لكن إبراهيم أكد أن الحكم لن يؤثر في علاقة الدولة ب"الإسلاميين"، وأضاف: الدولة تحسن معاملتنا ولديها رغبة في إنهاء ملف الإسلاميين، كما أن الوضع تحسن كثيرا ولم يبق سوي 12 عضوا محكومًا عليهم بالإعدام و80 صادر ضدهم أحكام فقط وننتظر انتهاء فترة الحبس. ومن الأمور الإيجابية ضم مدد الاعتقال مع الحبس وهذا ساعد في الإفراج عن قيادات كثيرة. وتابع منظَّر الجماعة: نرفض أي تصعيد قضائي.. فالتفاهم مع السلطات الأمنية هو أفضل الطرق وحققنا بهذا الأسلوب كثيرًا من الامتيازات ويحسب لنا تحسين أوضاع السجون والإفراج عن كل عناصر الجماعة، و لو التقيت الله سأقول إننا أنقذنا 12 شخصا من موت محقق صدر ضدهم إعدام. جاء الحكم مفاجئا للجماعة الإسلامية والمهتمين بالشأن الأصولي كما يوضح كمال حبيب القيادي الجهادي السابق والباحث في التنظيمات الدينية، خصوصًا وأن إعادة المحاكمة جاءت بعد اتفاق مع أجهزة الأمن علي إعادة المحاكمة بشكل مختلف ما فهمته الجماعة علي ان الحكم لن يكون بالإعدام، ويتوقع كمال حبيب ألا يتم تنفيذ الحكم علي أن تضاف حالة أبوعقرب إلي الحالات ال12 الأخري التي تجري بشأنها تفاهمات لتخفيف العقوبة من الإعدام إلي المؤبد. ويوضح القيادي السابق أن الحكم بالإعدام جاء بمثابة تثبيت الجريمة في حق مرتكبها بما يحفظ حق الضحايا ويرضي أهاليهم خصوصًا أن الضحايا في الغالب من الشخصيات العامة، علي أن تبقي فرص التسوية لملف الأصوليين مطروحة، من خلال الوسيلة القانونية الوحيدة المتاحة وهي التماس العفو من قبل رئيس الجمهورية. من جهته يشير أبوالعلا ماضي القيادي السابق في جماعة الإخوان المحظورة والباحث في الشأن الأصولي إلي الحساسية الشديدة التي تمثلها علاقة الدولة بالتنظيمات الدينية، لأن هذه التنظيمات أزعجت الدولة في فترة تاريخية سابقة وأثرت علي مسيرتها الاقتصادية والتنموية، لافتا إلي وجود اتجاهين من جانب الدولة في التعامل مع قضايا الحاصلين علي أحكام من أعضاء جماعتي "الجهاد" و"الجماعة الإسلامية". وبحسب أبوالعلا فإن فريقا يري أن الجرائم التي ارتكبها هؤلاء الأفراد والأحكام القضائية الصادرة بحقهم بشأنها أمر سابق علي الاتفاق مع الدولة من خلال المراجعات الفقهية وبالتالي لا يجب التهاون في تنفيذ هذه الأحكام، فيما يري فريق آخر أن تخفيف العقوبة داخل ضمن الاتفاق ومن ثم يبقي التفاهم وتخفيف الأحكام ضروريا، ويقول أبوالعلا إنه يؤيد أصحاب الرأي الآخر لأن المكاسب الوطنية من تخفيف العقوبات أكثر من السلبيات.