خلاف حكومي يجري احتواؤه الآن بين وزارتي النقل والموارد المائية والري بسبب قرار أصدرته الاخيرة قبل يومين بحظر اقامة موانئ نهرية علي المجري الملاحي لنهر النيل في اطار التطوير المؤسسي والتشريعي الذي تقوم به وزارة الري نحو تحسين إدارة الموارد المائية إلا أن ذلك القرار يتعارض مع مشروع وزارة النقل لانشاء عدد من الموانئ النهرية وقامت بالفعل بطرح ميناء منها وهو ميناء قنا النهري بمحافظة قنا. قال اللواء كريم أبوالخير رئيس الهيئة العامة للنقل النهري إن وزارة الري أصدرت قراراً بحظر اقامة موانئ علي نهر النيل إلا أن الهيئة تدخلت وطالبت بتعديله وهو ما استجابت له وزارة الموارد المائية والري. أضاف أبوالخير إن الهيئة أثناء قيامها بمراجعة التشريعات واللوائح المنظمة لاقامة موانئ نهرية قبل إعادة طرح ميناء قنا خلال أيام اكتشفت ذلك القرار. وأشار إلي أنه تم اخطار المسئولين بوزارة الري وأكدوا أن لفظ موانئ جاء ضمن القرار رقم 116 لسنة 2010 بشكل خاطئ وسيتم تعديله مؤكدا أنهم تفهموا مطالبة الهيئة بسرعة شديدة حيث قرروا أن تجري التعديلات علي القرار. من جانبه قال الدكتور حسين العطفي وكيل أول وزارة الموارد المائية والري إنه تم تعديل القرار بحيث لا يتعارض مع مشروعات وزارة النقل وخطتها لإنشاء موانئ نهرية وزيادة حجم البضائع المنقولة عبر المجري الملاحي لنهر النيل. وأكد أنه يتم التنسيق بين الري والهيئة العامة للنقل النهري وأنه يتم من خلال معاهد متخصصة التنسيق مع النقل لتحديد مواقع الموانئ المناسبة بما لا يؤثر علي كفاءة وهيدريولوجية نهر النيل ومياه الري.