بعد مرور عام واحد فقط علي انطلاق هيئة الاعتماد والجودة ووجود الكثير من الطموحات في ادائها لرفع كفاءة العملية التعليمية في مصر إلا أنها بدأت في الانهيار. السبب الأول كان في محاولة الاخوان لاختراقها عن طريق دخولهم بأعداد كبيرة ضمن فرق الجودة التي تنزل الي المدارس وتقييم فرق التدريس ومستوي الطلاب والمبني وجودة الادارة المدرسية وتستمر في المدرسة لعدة أيام ثم ترفع تقريرها إلا أن الامر تم تداركه مؤخراً ولكن بعد أن توطدت العديد من المخالفات المالية والادارية بالهيئة وصلت الي حد تقديم نواب رئيس الهيئة استقالات مسببة الي رئيس مجلس الوزراء. وحصلت "روزاليوسف" علي إحدي الاستقالات إلا أننا لن نعلن عن اسم النائب حفاظا علي سرية موقفه، جاء في بداية الاستقالة شكر للرئيس مبارك لاختياره المستقيل نائبا للهيئة ثم توضيح أسباب الاستقالة في أربعة بنود أولها غياب العلاقة المؤسسية وسيادة العزوبة في العمل حيث عدم تفعيل الهيكل التنظيمي رغم اعتماده وعدم تحديد دور أي نائب ورفض رئيس الهيئة لوجود قسم للجودة الداخلية وتعيين موظفين ليقوموا بأعمال النواب ووضع كل السلطات في يد الرئيس والخطير في هذا البند هو رفض الرئيس متابعة النواب أعمال التدريب والتي تواجدت فيها اعداد كبيرة من الاخوان وهو ما أكد عليه البند الثاني تحت عنوان عدم الشفافية الادارية حيث أوضح أن اختيار المراجعين الذين يقومون بزيارة المدارس لايتم علي أسس موضوعية واستبعاد النواب من اللجنة الاستشارية العليا حتي أطلق عليها لجنة سرية لرئيس الهيئة ثم البند الثالث غياب الشفافية المالية وهو صرف المكافآت غير المبررة حيث لاتوجد معايير واضحة تحدد الصرف لجميع العاملين بالهيئة خاصة أن مشروع تدريب المراجعين يكون لبعض الافراد نظير ألف جنيه وفي أوقات أخري 500 جنيه وأخري مجانا واخيراً التعسف الشخصي ومنها عدم المساواة في السفريات الخارجية. وقد أرسلت الاستقالة الي د.أحمد نظيف رئيس مجلس الوزراء باعتبار أن الهيئة تتبع مجلس الوزراء ليكون لها ولاية علي وزارتي ووزيري التعليم.