أكد البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية أن الكنائس لا يوجد بها إصابات بأنفلونزا الخنازير، قائلاً: مش معقول الكنيسة يبقي فيها المرض ده.. لا تقلقوا ولا تفزعوا. ولفت البابا إلي أن الكنائس بها وسائل تهوية عالية كما أن المرض لا يمكنه اختراق مكان العبادة الذي يكون في حضرة الله، طالبًا من الكهنة عدم نشر الفزع والقلق بين الأقباط دون داعٍ وعدم إعطاء أي معلومات كاذبة تؤثر علي بعض الكنائس الأخري. من ناحيته أكد الأنبا يؤانس سكرتير البابا أن الكنائس تخلو تمامًا من أنفلونزا الخنازير وقال في تصريحات خاصة لروزاليوسف: إنه لا تخوف من انتقال المرض داخل الكنيسة.