تقدم الدكتور محمد نور فرحات أمين عام المجلس الاستشاري باستقالته من عضوية المجلس بسبب غياب حزب الحرية والعدالة بشكل متعمد عن عضوية المجلس وحضور اجتماعات الحوار التوافقي الوطني الذي يديره الدكتور حسن نافعة وبالتالي يصبح عمل لجنة التوافق الوطني في تشكيل الدستور جهداً بلا عائد.. وجاءت الاستقالة المسببة التي تقدم بها فرحات بأن أحد الأسباب الرئيسية لإنشاء المجلس الاستشاري وفقا لمداولات المجلس العسكري هو اقتراح معايير وإجراءات تشكيل لجنة وضع الدستور ولكن أصبح من المؤكد أن المجلس العسكري لن يصدر إعلانا دستوريا يحدد فيه معايير وإجراءات تشكيل لجنة وضع الدستور معلقا الأمر علي توافق القوي السياسية. واستطرد نور في استقالته المسببة إن ترك تشكيل جمعية وضع الدستور دون ضوابط لبرلمان بتشكل بأغلبية ساحقة من تيار سياسي واحد قاصدا التيار الديني يمثل خطورة دائمة علي مستقبل الوطن حيث يعد هذا التشكيل منحازا لتوجهات الأغلبية البرلمانية فيما يعد انتهاكا صارخا للتوافق حول الدستور.