أثار تقرير لجنة تقصي الحقائق التابعة للمجلس القومي لحقوق الإنسان ردود فعل واسعة في الأوساط الكنسية والحقوقية، حيث لقي التقرير انتقادات من جانب الكنيسة وقال مصدر قريب من البابا شنودة الثالث ما جاء بالتقرير مختلف عما سمعناه من شهود العيان وأهالي الضحايا. قال القمص صليب متي ساويرس عضو المجلس الملي العام إن عدم توجيه اللوم لجهة بعينها في التقرير وعدم تحديد الجهة المسئولة عما جري والاكتفاء بالحديث عن العناصر المندسة هو أمر غير إيجابي في التقرير ويطرح مزيداً من علامات الاستفهام علي الموقف، مطالباً بمحاسبة القيادات الإعلامية في التليفزيون المصري المسئولة عما اعتبره تحريضاً ضد المتظاهرين . وتساءل القس نصرالله زكريا مدير المكتب الإعلامي بالكنيسة الإنجيلية: كيف يبرئ التقرير الشرطة العسكرية من إطلاق النار علي المتظاهرين في الوقت الذي لم يتم استكمال فحص باقي المقذوفات ولا تتم معاينة موقع الحادث بدقة؟ حقوقياً وجه الناشط نجاد البرعي رئيس المجموعة المتحدة للاستشارات القانونية انتقادات لاذعة للتقرير علي الهواء مباشرة في أحد برامج التوك شو الشهيرة قائلاً إن التقرير موجه سياسياً لخدمة أهداف محددة ولم يتضمن عرضاً للمعايير المهنية الموضوعية التي اعتمد عليها، وأضاف البرعي إن التقرير لم يقدم أي اجتهاد يذكر سوي إعادة رصد ما تم بثه علي اليوتيوب وعلي المواقع الإلكترونية متسائلاً من أين أتي المجلس بحقيقة أن الجيش أطلق رصاص «فشنك» علي المتظاهرين . وفي المقابل، قال حافظ أبو سعدة رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان ورئيس اللجنة التشريعية بالمجلس القومي ان التقرير جاء بمعلومات موثقة من خلال شهود العيان الجهات الرسمية. مستطرداً يبدو أن البرعي لم يقرأ التقرير بشكل كامل. ولفت أبو سعدة إلي أن التقرير قدم معلومة أساسية موثقة من واقع شهادات الطب الشرعي ألا وهي أن المركبات المدرعة قامت بدهس 12 متظاهراً مشيراً إلي أن عدد القتلي 28 فرداً وليس 25 كما هو شائع لدينا. واتفق معه في الرأي، د. منير مجاهد المنسق العام لجماعة مصريون ضد التمييز الديني قائلاً إن المجلس تصرف في ضوء المتاح لديه مطالباً بضرورة اعطاء للمجلس أحقية الإطلاع علي المستندات الرسمية وليس لمجرد طلبها .