شهدت الكنيسة انقساما بشأن اتخاذ اجراء ضد الدكتور محمد سليم العوا الامين العام للمجلس العالمي لعلماء المسلمين في اعقاب التصريحات التي ادلي بها تجاه الكنيسة التي اعتبرتها تحمل إساءة لها وللأقباط. ورفض المجلس الملي العام اتخاذ اي موقف قانوني تجاه العوا. وقال الدكتور ثروت باسيلي وكيل المجلس ل"نهضة مصر" إن نظر أمر مقاضاة العوا غير مطروح علي المجلس، نافيا احتمال انعقاد المجلس عاجلاً أو آجلاً للنظر في تصريحات العوا. وقال أيضا: إن الكنيسة لن تدخل في سياسة الفعل ورد الفعل مع العوا، ولن تتخذ موقفا رسميا في هذا الشأن، إلا اذا رأي اعضاء المجلس الملي غير ذلك. في ذات السياق، أصدر المجلس الملي بالإسكندرية بياناً ضد قناة "الجزيرة"، وطالب الرئيس مبارك وشيخ الأزهر باتخاذ الإجراءات القانونية ضد الدكتور محمد سليم العوا. ضد ما أسماه "التصريحات المثيرة وشديدة اللهجة ضد مسيحيين" في أحد برامج القناة مساء الأربعاء الماضي.