وجهت الكنيسة انتقادا لاذعا للتقرير الصادر مؤخرا عن الجهاز المركزي للتعبئة العامة والإحصاء تحت عنوان "مصر في أرقام" بسبب تجاهل أعداد الكنائس في حين قدم أعدادا دقيقة حول أعداد المساجد والزوايا والتي بلغت 74 ألفا و610 مساجد و22 ألفا و343 زاوية. وقال القمص صليب متي ساويرس عضو المجلس الملي العام إن الجهاز المركزي تعمد إخفاء عدد الكنائس حتي لا تظهر الفجوة بين عدد الأقباط وعدد الكنائس القليل جدا علي حد قوله. ومن جانبه قال القمص مرقص عزيز كاهن الكنيسة المعلقة إن هذا التقرير يعبر عن وضع مخجل فهو لم يذكر عدد الكنائس كما تجاهل عدد الأقباط. وفي رد فعل سريع لتلك الأزمة قال اللواء أبوبكر الجندي رئيس الجهاز المركزي للتعبئة العامة والإحصاء ل "نهضة مصر" عدم ذكر التقرير لأعداد الكنائس في مصر خطأ غير مقصود، وطالب بضرورة عدم تفسير هذا الأمر في أكثر من سياقه قال الجندي إن الجهاز المركزي سوف يصدر تقريره القادم في شهر يونيو المقبل وأنه سيتضمن عدد الكنائس في مصر بالتفصيل كما سيتضمن عدد جميع المنشآت حتي لو كان "كشك سجاير". أوضح الجندي أن جميع البيانات الأولية لعدد الكنائس وجميع دور العبادة سوف تكون متاحة حتي نهاية شهر فبراير المقبل، تمهيدا لإدراجها في التقرير.