تخوف المحلل السياسي نبيل شرف الدين من اضطهاد الطوائف البهائية في مصر، مطالبا بترسيخ فكر المواطنة، وقال : " أتوقع أن يشهد عهد الأخوان أسوا اضطهاد للبهائيين، ونحن لا نناقش هنا المعتقدات فهذا شأن المرء وربه، بل نقاتل لترسيخ حقوق المواطنة". و أضاف نبيل شرف الدين من خلال حسابه الشخصي على موقع التواصل الاجتماعي (تويتر): " الهند أكبر ديمقراطية في العالم تستوعب الأقلية المسلمة و لا تضطهدهم بل يعيشون في سلام مع الهندوس والبوذيين وغيرهم".
و أعتبر أن مبدأ " الدين لله و الوطن للجميع) لا يقبل التجزئة، و قال : " وتفعيل مبدأ (الدين لله والوطن للجميع) لا يقبل التجزئة فلا ينبغي قبول اضطهاد احد بسبب دينه، والبهائيون وضعهم حرج".
و قال أيضا : " شيطنة النخبة صارت لعبة إخوانية مع أن النخبة إفراز المجتمع وتضع وقتها وجهدها لخدمة الناس، ولا تمارس وصاية عليهم كما يفعل الأخوان".
و طالب شرف الدين بوضع كلمة بهائي على الشخص حامل الديانة بدلا من وضع شرطة(-)، و قال : " لا لم توضع بهائي في خانة الدين بل شرطة (-) ومتفق مع مصرية بإلغاء خانة الدين ببطاقة الرقم القومي". مواد متعلقة: 1. مواجهة بين شرف الدين والبرنس حول قرارات مرسي 2. نبيل شرف الدين: ما يحدث بروفة لحرب أهلية