أوضح الدكتور علي جمعة، مفتي الديار المصرية السابق، أن دار الإفتاء المصرية كانت تابعة في الماضي إداريا وماليا وسياسيا لوزارة العدل، وهذا سبب في عديد من المشاكل، على سبيل المثال كان المفتي لا يستطيع التوقيع علي أي أوراق رسمية كرئيس مصلحة. وحكى خلال كلمة له بلجنة الشؤون الدينية، أثناء مناقشة قانون دار الإفتاء المصرية، واقعة "أن السيارة المرسيدس تعطلت واحتاجت إلي 24 ألف جنيه لإصلاحها، إلا أن التبعية الإدارية لوزارة العدل حالت دون ذلك، فاضطرت أن أدفع هذا المبلغ من جيبي الخاص حتى لا يُهدر مليونا جنيهٍ، وهذه الواقعة تسببت في استقلال دار الإفتاء ماليا وإداريا في 2007". وقال جمعة، إن العلاقة بين دار الإفتاء ووزارة العدل كالحبل السُري، خصوصا فيما يتعلق بأحكام الإعدام، وهذا الحبل السُري يجب أن يستمر لمصلحة الوطن".