الدكتور محمد حبيب حسم الدكتور محمد حبيب، النائب الأول لمرشد جماعة "الإخوان المسلمين" أمره وقرر بعد أكثر من عام على إخفاقه في انتخابات مكتب الإرشاد، الانسحاب رسميا من الجماعة والاستقالة بصفة نهائية من التنظيم، والانضمام لحزب "النهضة"- تحت التأسيس- بزعامة الدكتور إبراهيم الزعفراني، القيادي الإخواني السابق. وأعلن حبيب قرار الاستقالة في ساعة متأخرة من مساء الثلاثاء، في بيان مقتضب على صفحته على موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" وجاء فيه: "الإخوة الأحباب.. السلام عليكم ورحمة الله وبركاته وبعد، فمنذ اليوم الثلاثاء 12 يوليو 2011 أعلن استقالتي من تنظيم الإخوان المسلمين، وانضمامي إلى حزب النهضة تحت التأسيس، سائلا المولى تعالى للجميع التوفيق والسداد، ولمصرنا العزيزة التقدم والرقى والازدهار، وصلى الله على سيدنا محمد وعلى آله وصحبه وسلم". وكانت الخلافات بين الدكتور محمد حبيب وقيادات الإخوان وصلت ذروتها في الأسابيع الأخيرة في فترة ولاية المرشد السابق محمد مهدي عاكف، بعد أن رفض عدد من قيادات الجماعة وأعضاء مكتب الإرشاد خلافته للأخير، بعد تقديمه استقالته بسبب أزمة عضوية الدكتور عصام العريان لمكتب الإرشاد آنذاك. واحتدمت الخلافات بعد أن أسفرت انتخابات مكتب الإرشاد التي أجريت في نهاية ديسمبر 2009 عن خسارة حبيب، وهو ما جعله يغادر القاهرة غاضبًا من إخوانه ويتوجه إلى أسيوط حيت تقيم أسرته، وأعلن استقالته من عضوية مجلس الشورى العام بالجماعة ومن عضوية التنظيم الدولي.