حالة من الجدل سادت المؤسسات الدينية في مصر عقب تصريحات الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، والتي وافق فيها علي أن يكون منصب شيخ الأزهر بالانتخاب لا بالتعيين وفق مدة محددة. حيث أيد علماء أزهريون كلام شيخ الأزهر باعتباره أفضل من نظام التعيين. فيما رفض آخرون كلامه معتبرين أن تجربة الانتخابات أثبتت فشلها. كان الإمام الأكبر قد أكد علي إنه "لا يمانع من اختيار شيخ الأزهر عن طرق الانتخابات بدلا من التعيين"، مشيرا إلي أن "ذلك كان مطلبه وكان من ضمن أولوياته عند تعيينه، وكان ينتظر الوقت المناسب لإعلان ذلك". وأضاف الطيب إنه "في ظل تعطيل الدستور الحالي ووضع دستورا جديدا للبلاد فإنني سأتقدم بمطلب العودة إلى اختيار شيخ الأزهر بالانتخاب وبضمانات محددة"، مشيرا إلي إنه "سيطلب تحديد فترة ولاية شيخ الأزهر بحيث لا تكون مطلقة، وأن يتم انتخابه بتشكيل هيئة من كبار العلماء والباحثين في الشريعة الإسلامية تتولى ترشيح فئة من أهل العلم والرأى للاختيار من بينهم". ومن جانبه، اتفق الدكتور عبد الرحمن البر الأستاذ بجامعة الأزهر، عضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين مع ما قاله شيخ الأزهر، قائلا: إن "نظام الانتخاب بشكل عام أفضل في كل الأمور، بشرط أن يكون مؤسسا علي قواعد معينة". وحدد البر هذه القواعد في أن "يكون الاختيار من كبار العلماء وفق سيرهم الذاتية وأبحاثهم العلمية"، مطالبا "تأسيس هيئة لكبار العلماء مستقلة عن الدولة ولا تتبع أي جهة، ويكون لها مواصفات علمية وأخلاقية وتؤسس بشكل صحيح، ويتم وضع ضوابط معينة للانضمام إليها، وأن يفتح الباب أمام جميع العلماء للانضمام إليها حتى لو بلغ عددها بالآلاف، ويتم من خلال الهيئة اختيار شيخ الأزهر. واتفق البر مع الطيب في تحديد مدة محددة لرئاسة الأزهر. وأيد الدكتور علي عبد الله الداعية بوزارة الاوقاف الرأي السابق، مطالبا "بضرورة تعديل القانون الخاص بتعيين شيخ الأزهر، وأن يكون بالانتخاب ليضمن استقلاله عن النظام". وقال عبد الله إن "الدستور يكفل حق تكافؤ الفرص، ولهذا يجب أن يترك حق اختيار شيخ الأزهر، فلا يعقل أن يكون ممثل الأقلية الدينية منتخبًا من قبل المسيحيين، في حين أن ممثل الأغلبية يعين من جانب النظام". وعلي الجانب الآخر، أكد الدكتور عبد المعطي بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية في الأزهر الشريف علي أن "كل من نظام الانتخاب أو التعيين في الأزهر له عيوبه ومحاسنه، وأن الذي أذهب إليه بعد طول تجربة، أن يكلف أو يعين الأقدم في منصب شيخ الأزهر من الحاصلين علي درجة الأستاذية بالجامعة"، مشيرا إلي أن "الاقدمية في الأزهر لن يحدث عليها أي خلاف، لكن نظام الانتخاب له سلبيات كثيرة، لأن الحيل الانتخابية والممارسات التي تشهدها الانتخابات قد تجعل شيوخ الأزهر يسلكون عددا من الدهاليز الغامضة التي تتبع في ذلك". وأضاف بيومي "جربنا من قبل نظام التعيين في الأزهر من قبل النظام فوجدناه أسوء ما يكون، إذ يلجأ الحاكم في اختيار الشيخ الذي يؤيده باستمرار، وبالتالي يترتب علي ذلك أشياء كثيرة تتعلق بمسألة نصح الحاكم"، مضيفا إنه "إذا كانت هناك محاذير حول الأقدمية بدعوي إنه قد يكون الأقدم ليس هو الأصلح، فيمكن التغلب علي ذلك بتوجيه النصح له من كبار العلماء ليقللوا من سلبياته". واتفق بيومي مع تحديد مدة محددة لشيخ الأزهر. فيما تخوف الدكتور عبد الله النجار عضو مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر من مسألة الانتخاب، بقوله: "أربء علي منصب شيخ الأزهر لو تم بالانتخاب، لأنه سوف يحوله إلي منصب يتنافس عليه الكثيرين مما يفتح المجال أمام منافسات شتي وهذا ما قد يحدث كثيرا من الفوضى". وأضاف النجار أن "طريقة اختيار شيخ الأزهر بالتعيين أو بالانتخاب لا تهم، والمهم هو اختيار من يمثل الأزهر، لأن منصب شيخ الأزهر منصب إسلامي عالمي يحمل معاني العلم والروح ويمثل المسلمين". ورفض النجار تحديد مدة معينة لشيخ الأزهر، بقوله: "ما دام لم يقل في عطاء شيخه فعليه الاستمرار". وأكد الدكتور محمد وهدان الأستاذ بجامعة الأزهر علي أن "نظام الانتخاب لا يأتي بأفراد صالحين، ويحمل بعض المخاوف في حالة عدم وجود ضوابط تحكم نظام الانتخاب". واقترح وهدان أنه "في حالة تطبيق نظام الانتخاب، فلابد من زيادة عضوية مجمع البحوث الإسلامية باعتباره يمثل هيئة كبار العلماء في مصر، ليضم شخصيات من الدول العربية والإسلامية خاصة من المملكة العربية السعودية والمرأة، وأن يتم الاختيار من بينهم فيما تتوفر فيه القدرة العلمية والقدرة على التعامل مع المشاكل العصرية من قيادة المشيخة". رفضا تحديد مدة معينة لشيخ الأزهر. يذكر إنه سبق لتيارات دينية في مجلس الشعب في أعوام سابقة أن قدموا اقتراحا يقضي بأن يكون شغل منصب شيخ الأزهر بالانتخاب وليس بالتعيين، وزادت هذه المطالب عقب ثورة شباب 25 يناير، وتغير الأوضاع في مصر. ويحتل الأزهر مكانةً رفيعةً لدى المسلمين، ليس في مصر فقط، وإنما في العالم الإسلامي كله، وهو أعلى مؤسسة دينية في مصر، وشيخ الأزهر كمنصب بدأ رسميًّا عام 1101هجرية، وتولاه حتى الآن 43 عالمًا، كان أولهم الشيخ محمد بن عبد الله الخراشي، وآخرهم شيخ الأزهر الحالي الدكتور أحمد الطيب. وبدأ هذا المنصب بالانتخاب حتى جاءت ثورة 23 يوليو، وقررت تحجيم دور الأزهر، فسنت تشريعًا يحد كثيرًا من سلطات شيخه ونفوذه، فتم إلغاء هيئة كبار العلماء التي كانت تتولى تسيير أمور الأزهر وتنتخب شيوخه بعد إقرار القانون 103 لتنظيم الأزهر عام 1961، وحل محلها مجمع البحوث الإسلامية، كما تم إقرار اختيار شيخ الأزهر بالتعيين لا بالانتخاب.