قال الرئيس المصري حسني مبارك يوم السبت 1 يناير/كانون الثاني إن تفجير كنيسة القديسين في الاسكندرية يحمل في طياته دلائل على تورط أصابع خارجية، تريد أن تصنع من مصر ساحة لشرور الارهاب، وأكد أنه لن يسمح لأحد بالاستخفاف بأمن مصر، وأنه سيتم تعقب المخططين والمتورطين فى الحادث.
وأضاف مبارك خلال كلمة وجهها إلى الأمة بعد ساعات من وقوع الانفجار، أن "دماء أبنائنا لن تضيع وسنقطع يد الإرهاب والمتربصين بأمن مصر".
وتابع "أن هذا العمل الارهابي هز ضمير الوطن وصدم مشاعرنا وأوجع المصريين مسلمين واقباطا امتزجت دمائهم، لتقول ان مصر برمتها مستهدفة وان الارهاب الأعمى لا يفرق بين قبطي ومسلم".