أقام عدد من أساتذة وطلاب جامعة النيل، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة، طالبوا فيها باصدار حكم قضائي بإلزام وزير التعليم العالي بوقف وإلغاء قبول طلبة مشروع مصر القومي الذي أسسه الدكتور أحمد زويل، لقيامه بالحصول على أراضي ومباني جامعة النيل والتي حصلت على حكم نهائي من المحكمة الإدارية العليا بأحقيتها في جميع مبانيها وأراضيها وبتحويلها إلى جامعة أهلية. وقالت الدعوى التى حملت رقم 72409 لسنة 67 قضائية رغم صدور حكما قضائيا بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية وعدم احقية أحمد زويل في مبانيها إلا أنه ما زال يمارس عمله كرئيسا للجامعة ويظهر فى القنوات الفضائية واضعا صورة الجامعة وكأنه هو من قام بتأسيسها.
ولم يكتفى زويل بذلك، بل إنه داهم الجامعة بالإعلان عن قبول دفعة جديدة ضمن مشروع مصر القومى وتقدم إليه آلاف الطلاب وحصل على ملايين الجنيهات.