أقام عدد من أساتذة , وطلاب جامعة النيل دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة , طالبوا فيها بإصدار حكم قضائي بإلزام وزير التعليم العالي بوقف , وإلغاء قبول طلبة مشروع مصر القومى الذى أسسه الدكتور" أحمد زويل"، لقيامه بالحصول على أراضٍ ,ومبانٍ جامعة النيل, التى حصلت على حكم نهائى من المحكمة الإدارية العليا بأحقيتها في جميع مبانيها, وأراضيها وبتحويلها إلى جامعة أهلية. وقالت الدعوى : رغم صدور حكمًا قضائيًا بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية وعدم أحقية " أحمد زويل "في مبانيها إلا أنه ما زال يمارس عمله كرئيس للجامعة, ويظهر فى القنوات الفضائية واضعًا صورة الجامعة, وكأنه هو من قام بتأسيسها. ولم يكتف "زويل" بذلك، بل إنه داهم الجامعة بالإعلان عن قبول دفعة جديدة ضمن مشروع مصر القومي, وتقدم إليه آلاف الطلاب , وحصل على ملايين الجنيهات.