شهدت الزراعة في عهد عبدالفتاح السيسي تراجعا حادا في إنتاج المحاصيل والسلع الإستراتجية، مثل القمح والأرز واللحوم والقطن طويل التيلة؛ ما يمثل تهديدا للأمن الغذائي المصري. وكشفت أحدث إحصائية للجهاز المركزي للتعبئة والإحصاء الفرق الشاسع بين عهد الرئيس محمد مرسي والسيسي بالنسبة إلى تحقيق الاكتفاء الذاتي. وحسب التقرير انخفضت نسبة الاكتفاء الذاتي من القمح إلى 34.5% عام 2017 بعد أن كانت 57.6% في عام 2013م، كما انخفض إنتاج الأرز 5.3 مليون طن عام 2015/2016 هبوطا من 5.9 مليون طن عام 2012/2013. وتراجعت نسبة الاكتفاء الذاتي من اللحوم الحمراء إلى 55.9% عام 2017 بعد أن كانت 85.7% عام 2012، وانخفض إنتاج القطن طويل التيلة إلى 30 ألف طن فقط عام 2017 بعد أن بلغ 490 ألف طن عام 2012 ارتفاعا من220 ألف طن في 2011.