قالت الجماعة الإسلامية وذراعها السياسية حزب البناء والتنمية، "إنها تنظر إلى البدء في إجراءات تحويل مجرى نهر النيل الأزرق على أنه تهديد للأمن القومي المائي المصري والسوداني". ورأت الجماعة الإسلامية، في بيان لها، أنه لابد من بذل جميع الجهود الدبلوماسية للوصول إلى الصورة التي تحفظ حقوق مصر المائية، وفي نفس الوقت ضرورة تكاتف جميع أبناء مصر من حكومة ومعارضة وتيارات سياسية مختلفة من أجل الوقوف في وجه هذا التهديد. كما ترى أنه لابد من مواجهة أي انتقاص لحقوق مصر بكافة الوسائل بما يحفظ حقوق مصر ومكانتها وعلاقاتها مع الشعب الإثيوبي وكافة الشعوب الإفريقية. وأكدت الجماعة الإسلامية أن هذه المشكلة ليست وليدة اليوم ولكنها جزء من الميراث الكارثي الذي ورثته الثورة المصرية من إهمال نظام المخلوع في التعامل مع هذا الملف وكافة قضايا القارة الإفريقية؛ مما أتاح ل«إسرائيل» أن تعبث في تلك البلاد الصديقة.