وقال الأزهر فى تقريره: إن هناك بعض الملاحظات الموجودة فى كتاب التربية الوطنية للصف الثالث الثانوى ففى صفحه (76) استدل الكتاب على جواز الثورة على الحكام برأى الخوارج والمعتزلة, حيث يقول "ونستدل على ذلك برأى الخوارج بوجوب الثورة والخروج على الحاكم الظالم الجائر، وأن الإصلاح هوالسبيل الوحيد للتغير وكذلك رأى المعتزلة بجواز الثورة والخروج على الحاكم الظالم عند التحقق من توافر شرطين الأول وجود الإمام القائد الثائر الثانى التمكين والاستطاعة". وطالب الأزهر الشريف فى تلك الجملة باتباع منهج أهل السنة والجماعة فى التغير والاستشهاد بكلام الإمام الجوينى فى جواز الخروج السلمى دون الدموى حيث ولا يجوز الاستشهاد من الفرق المتطرفة. وأوضح التقرير أنه فى صفحة( 64) ظهرت بطاقة مكتوب عليها "ومن بدل دينه فاحترموه"وكتب تحتها لأن حرية الإنسان فى اختيار دينه هى أساس الاعتقاد ثم كتب "لا إكراه فى الدين". وأوضح التقرير أن جملة "من بدل دينه فاحترموه" هو تحريف لحديث رسول الله صلى الله عليه وسلم الوارد فى البخارى ومسلم "من بدل دينه فاقتلوه" (ينظر ضوابط قتل المرتد ومراحله عند الفقهاء) وأوصى الأزهر بحذف هذه البطاقة. وأشار التقرير إلى أنه فى صفحة (64) أيضا ذكر الكتاب "واجب الدولة حماية المجتمع مما قد يظهر من اختلافات بين المسلمين فى العقائد والأحكام, وما قد يظهر من فرق عقائدية ومذاهب فقهية مختلفة". حيث جاء فى التقرير عدة ملاحظات فى هذه الفقرة بأنه "لا يوجد اختلافات بين المسلمين فى العقائد إذ العقائد كلها مبنية على الدليل القطعى، وإنما الاختلاف موجود فى الأحكام أغلبها مبنى على الدليل الظنى، وليس معنى ذلك أنه توجد تطرفات عقدية ولكن معتنقها يبتعد عن الإسلام بقدر هذه التطرفات ومن هنا كان يجب أن تكون العبارة التالية "وما يظهر من فرق عقائدية ومذاهب فقهية متطرفة "بدلامن "وما يظهر من فرق عقائدية ومذاهب فقهية ومختلفة". كما ذكر الأزهر فى تقريره أن هناك بعض الملاحظات الجانبية فى صفحة 28 بأن هيئة كبار العلماء المقترح أن تحل محل مجمع البحوث الإسلامية" واقترح التقرير بحذف هذه الجملة "المقترح أن تحل محل البحوث الإسلامية". أما بالنسبة لتقرير كتاب المواطنة وحقوق الإنسان "المقرر على الصف الثانى الثانوى العام، أفاد التقرير بأن الكتاب لا يوجد فيه ما يخالف العقيدة الإسلامية أو ما يخالف حكماً شرعيا قطعيا من أحكام الشريعة الإسلامية، إلا أن هناك بعض الملاحظات الموجودة فى الكتاب قد وجب التنبيه عليها لإصلاحها وهى كتابة اسم أم المؤمنين السيدة أم سلمة رضى الله عنها بدل "السيدة مسلمة " وذلك فى (ص 50,عمود يمين, فقرة 2) : مثل دور السيدة مسلمة فى درء الفتنة التى كادت تتبع صلح الحديبية". وفى كتاب التربية الوطنية للصف الأول الثانوى، أفاد التقرير بأن الكتاب لا يوجد فيه ما يخالف العقيدة الإسلامية, أو ما يخالف حكما شرعيا قطعيا من أحكام الشريعة الإسلامية.