في إطار الخلافات الدائرة بين لجنتي "نظام الحكم" و"الصياغة"، رفض أعضاء نظام الحكم مناقشة ما ورد إليهم من لجنة الصياغة، والذي يعتبر نسخة مكررة من دستور 1971، والذي أهدر كل جلسات الاستماع التي عقدتها لجنة نظام الحكم مع الهيئات القضائية المختلفة داخل وخارج الجمعية، وأخذ من الأعضاء 3 شهور من العمل. قال الدكتور محمد محي الدين، مقرر لجنة الدفاع والأمن القومي المنبثقة عن لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور: إن لجنة نظام الحكم رفضت بالإجماع مناقشة باب السلطة القضائية الذى ورد إليها من لجنة الصياغة لأنه أصبح نسخة طبق الأصل من نظيره فى دستور 1971. وطالب محي لجنة الصياغة بأن تقدم مقترحها الذى تراه إلى الجمعية العامة باسمها بعيدا عن المشروع المقدم من لجنة نظام الحكم، موضحا أنه في فلسفة لجنة نظام الحكم جرى الفصل بين السلطات، بحيث تكون السلطات منفصلة ومستقلة تماما ومتكاملة فى نفس الوقت. وتابع، فيما يخص السلطتين القضائية والتشريعية قررت لجنة نظام الحكم عدم إعطاء السلطة القضائية حق حل السلطة التشريعية، ومن ثم أقرت الرقابة السابقة على قوانين الانتخابات دون اللاحقة لمحكمة الدستورية العليا في الوقت الذي أكدت فيه أنه لا يجوز للسلطة التشريعية استحداث هيئة قضائية، ومن ثم إلغاء المادة 167 من دستور 1971، وهو ما يعني بالضرورة بغض النظر عن أي مبرر آخر حتمية ذكر الهيئات القضائية الموجودة في الدستور. من جانبه، أكد المستشار نور الدين على، عضو لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور، أن التعديلات التى وردت من الصياغه إلى لجنه نظام الحكم عن السلطة القضائية ألغت وضع نصوص دستورية لهيئة قضايا الدولة والنيابة الإدارية والقضاء العسكرى من باب السلطة القضائية، وذلك مخالفا تماما للمشروع الذى أعدته لجنه نظام الحكم، حيث وضعت نصين عن هيئة قضايا الدولة والنيابة الإدارية وإدراج القضاء العسكرى فى باب السلطة القضائية. وأضاف نور الدين، أن ما فعلته الصياغه ترتب عليه حذف "قضايا الدولة" و"النيابة الإدارية" من الدستور نهائيا وسلب الصفة القضائية عن أعضائها وتحويلهم إلى موظفين عاديين بالدولة، وبالتالى، خروجهم من الحماية الصحية والتأمينيه لأعضاء الهيئات القضائية، مما يؤدى إلى وضع مآسوى فى المجتمع وإشكالية خطيرة قد تتعرض لها الدولة، وذلك من أجل تدخلات شخصية لبعض أعضاء "الصياغة.