سُمي مسجد الأزهر من قبل الفاطميين تيمناً بفاطمة الزهراء ابنة الرسول صل الله عليه وسلم، وكان يُعرف بجامع "القاهرة"، إلا أنه دون الإلتفات للأسماء حاز مكانة رفيعة فى نفوس المسلمين فى مشارق الأرض ومغاربها بعد أن احتضن فى أروقته علماء حملوا على عاتقهم أمانة الدعوة والتبليغ والتصدي لمحاولات الطعن فى الإسلام، كما حفظ مكانته كمحطة ثورية فى وجه الاستعمار وفاشية الحكام. هذه الأيام تمر ذكري انشاؤه ال1045، حيث تم وضع الحجر الأول فى بنائه 4 إبريل عام 970م، ليحكي الأزهر رحلته فى قلب قاهرة المعز حيث كان في بدايته مركزا شيعيا، وبعد 200 عام على تأسيس الفاطميين للجامع تمكن صلاح الدين الأيوبى من فتح مصر، وتحويل الأزهر من المذهب الشيعى للسنى، ورغم ذلك مازال الشيعة يحبون الأزهر حبا شديدا. جاء العثمانيون ليغيروا من هيكلة المسجد الذي بني علي أساس شيعي، وأزالوا قبتين من الجهتين الشرقية والغربية للمحراب، وتم الاكتفاء بالقبة المركزية فوق كرسى خطيب الجامع، حيث كان المذهب الشيعى يتعمد بناء 3 قباب لمساجده، لطمس أى معلم يشير إلى شيعيته الأولى. وتحتوي مكتبة المسجد على 128500 كتاب فى أكثر من 250000 مجلد تقريبا، منها أكثر من 42000 مخطوط فى فنون مختلفة موجودة فى مكتبة الأزهر وحدها. الأذرع الإعلامية واصل إعلام الانقلاب الهجوم على "الأزهر" رغم تأييد مشايخه وعمائمه المطلق للعسكر، وبعد تصريحات السيسي عن ما وصفه ب"الثورة الدينية"، شرع كثير من السياسيين والإعلاميين المؤيدين للانقلاب الحديث عن تغير مناهج الأزهر. وبدأ إعلام الانقلاب في مهاجمة مواقف الأزهر الدينية، فقال إبراهيم عيسى عبر "ON TV" :"أن الأزهر لا يتواني عن تكفير الأدباء والعلماء"، مستغرباً "لماذا لم يكفّر داعش؟"، وقال إن :"الأزهر لم يعلن داعش كافرة، بسبب أنه يكفّر من يتخالف مع مشايخه ويعارض أفكاره". وأضاف: "إذا نظرت لكتاب الأزهر بالصف الثالث الثانوي سنجد أن منهج داعش موجود في الكتاب، ويدرسه الأزهر لطلابه، فكيف يختلف الأزهر مع داعش؟". وتابع: "لماذا نغضب من طلبة الأزهر إذا خرجوا علينا وحرقونا إذا رأووا أننا كفرة من وجهة نظرهم وهذا ما يدرّسه لهم الأزهر في الثانوية العامة؟، ما سيحدث في ظل وجود المسئولين الإخوانيين الحاصلين على مناصب عليا في الأزهر الشريف". ومن إبراهيم عيسى إلى يوسف الحسيني لم يختلف الأمر، وكرر الهجوم قائلاً: "إنتو أوصياء علينا يا جماعة ما تخليكم أوصياء على نفسكم ده بس أولا، بالإضافة إلى تطهير الأزهر من الإخوان وتطوير المناهج الدراسية داخل الأزهر"، جاء ذلك خلال برنامجه "السادة المحترمون"، على قناة "أون تي في". وفي وقت سابق، هاجم وزير الثقافة السابق بحكومة الانقلاب جابر عصفور، مؤسسة الأزهر لرفضها مسرحيتي "الحسين ثائرا" و"الحسين شهيدا"، وقال إن حكم مؤسسة الأزهر على مسرحيتي "الحسين ثائرا" و"الحسين شهيدا" ليس صوابا أو موافقا لحكم الدين، وإنما كان اجتهادا شخصيا"، على حد قوله.