حتى يونيو 2021، بلغ عدد المدرجين على "قوائم الإرهاب" في مصر 6 آلاف و602 شخص و8 جماعات، بينهم قيادات في المعارضة وجماعة الإخوان المسلمين، الموصومة بحسب مراقبين أنها جماعة وسطية معتدلة وقفت دوما ضد الإرهاب والتكفير والتطرف، وأدت دورا بارزا في الحفاظ على مقدرات الشعوب وحماية المجتمعات والشباب من التطرف. ولكن في أكتوبر 2022، توسع الرقم بإضافة نحو 327 مواطنا جديدا بين معتقلين ومطاردين ومتوفين، أبرزهم العلامة الدكتور يوسف القرضاوي الداعية المعروف والذي توفي بالدوحة في 26 سبمتبر 2022م، ووضع إلى جوار اسمه ابنته علا يوسف القرضاوي على قائمة الكيانات الإرهابية لمدة خمس سنوات. إدراج المتوفين وفوجئ بعض المراقبين والناشطين عبر مواقع التواصل الاجتماعي من عناد المنقلب وغياب عقل العصابة بعد وضع الشيخ القرضاوي على ذمة القضية رقم 316 لسنة 2017 حصر أمن الدولة على قائمة الإرهابيين لمدة 3 سنوات، تحت مزاعم اتهامهم بتشكيل جناح عسكري للجماعة، وتمويل أعمال العنف، واستهداف الشرطة والجيش والقضاة. ووضع إلى جوار الراحل القرضاوي نواب سابقون رحلوا عن دنيانا بعضهم أثناء تغييبه بسجون الانقلاب ومنهم؛ د.عمر عبد الغني، أستاذ الأنف والأذن بالزقازيق، والشهيد د. حمدي حسن الطبيب المعروف ونائب الإسكندرية لعدة دورات برلمانية، والحاج السيد نزيلي مسؤول الجيزة السابق بجماعة الإخوان، والحاج فؤاد الهجرسي، مسؤول الدقهلية الراحل. إدراج بالقضايا أما أرقام القضية فتشهد على أسماء جديدة فالدائرة العاشرة جنوب بمحكمة جنايات القاهرة أدرجت الصحفيين أحمد سبيع وبدر محمد بدر و55 متهما آخر في القضية رقم 1360 لسنة 2019 حصر أمن الدولة العليا، على قوائم الإرهاب لمدة 5 سنوات مع ما يترتب على ذلك من آثار قانونية. ومن دائرة أخرى بمحكمة جنايات جنوبالقاهرة، أدرجت 45 شخصا بينهم هدى عبد المنعم وعائشة الشاطر ابنة المهندس خيرت الشاطر، على قوائم الكيانات الإرهابية لمدة 5 سنوات، وأيدت قرار محكمة جنوبالجيزة على ذمة القضية 1552لسنة 2018. وإدراج 42 مواطنا على قوائم الإرهاب لمدة 5 سنوات، وذلك في قضية ما يسمى ب "تنظيم حرس الثورة" رقم 438 لسنة 2021، وتتم محاكمتهم غابيا في القضية، بمحكمة جنايات جنوبالقاهرة الدائرة 25. نجم المنتخب الوطني لكرة القدم ولاعب النادي الأهلي محمد أبو تريكة تضعه محكمة جنايات القاهرة من خلال عدة دوائر، بعد ثبوت تمويله للجماعة الإرهابية حكمت بإدراجة على قوائم الإرهاب والتحفظ على أمواله في القضية رقم 620 لسنة 2018، علما أن هذا حكم جديد منفصل عن القضية رقم 653 لسنة 2014. وأدرج قضاء الانقلاب أيضا د. عبدالمنعم أبوالفتوح وآخرين على قوائم الإرهاب في القضية رقم 1781 لسنة 2019 حصر أمن دولة عليا. حتى أن بعض اليساريين المعتقلين أدرجوا ضمن قوائم إرهاب السيسي، حيث أدرج زياد العليمي ضمن 13 متهما آخرين في قضية "تحالف الأمل" على قوائم الإرهاب لمدة 5 سنوات، على خلفية اتهامه في القضية رقم 571 لسنة 2020.
وأدرجت محكمة جنايات أمن الدولة، التي تنعقد بطرة، 11 متهما في القضية رقم 4639 لسنة 2020 أمن دولة طوارئ جنايات العياط على قوائم الإرهاب. وأيدت محكمة النقض، حكم محكمة الجنايات فى القضية رقم 760 لسنة 2017 والمعروفة باسم طلائع "حسم"، بإدراج 145 معتقلا ومدرجا على قوائم الإرهاب لمدة 5 سنوات.
وأيدت محكمة النقض إدراج 169 معتقلا ومدرجا في القضية رقم 435 لسنة 2018 على قرار إدراجهم على قوائم الكيانات الإرهابية.
وفي يناير 2020، صدّق السيسي على القانون رقم 2 لسنة 2020، بتعديل بعض أحكام القانون رقم 8 لسنة 2015 بشأن تنظيم ما يُسمى "قوائم الكيانات الإرهابية والإرهابيين". ويضع قانون الإدراج على قوائم الإرهاب مدة زمنية لتوصيف الشخص إرهابيا أو الجماعة إرهابية، مع إمكانية تكرارها، ويترتب عليه إجراءات، بينها المنع من السفر ومصادرة الأموال والتحفظ عليها . ويترتب على إدراج أي شخص أو كيان على قوائم الإرهاب؛ وقف أنشطته وغلق الأمكنة المخصصة له وحظر اجتماعاته، وتجميد الأموال المملوكة للكيان أو لأعضائه، حظر تمويل أو جمع الأموال أو الأشياء للكيان سواء بشكل مباشر أو غير مباشر ومصادرة الأموال والمنع من السفر. وأدرجت تعديلات 2015، المصادرة والتجميد يطال كل من "الشكل الرقمي والإلكتروني للعملات الوطنية أو الأجنبية، والأوراق المالية أو التجارية، والصكوك والمحررات المثبتة لكل ما تقدم أيا كان شكلها، وكل الحقوق المتعلقة بأي منها، بما في ذلك الائتمان المصرفي والشيكات السياحية والشيكات المصرفية والاعتمادات المستندية، أو أي فوائد أو أرباح أو مصادر دخل أخرى مترتبة على أو متولدة من هذه الأموال أو الأصول، أو أي أصول أخرى يحتمل استخدامها للحصول على تمويل أو منتجات أو خدمات".
بديل الطوارئ وقال حقوقيون إن "كل الإجراءات الاستثنائية التي ينص عليها قانون الطوارئ، نُقلت إلى عدة قوانين أخرى دائمة وسارية، ولا يتطلب تطبيقها إعلان حالة الطوارئ، ومن ذلك قانون الإرهاب، الذي حول قانون الطوارئ الاستثنائي إلى قوانين دائمة". وقانون مكافحة الإرهاب رقم 94 لسنة 2015، دخلت فيه بعض النصوص اللي أعطت الحق لرئيس الجمهورية في إعلان حالة الطوارئ والاعتقال بدون جريمة، وتخصيص دوائر للإرهاب دون درجات التقاضي العادية المنصوص عليها في القانون، وهذه المواد هي: المادة 40 من القانون أعطت الحق للأجهزة الأمنية اعتقال أو إلقاء القبض على الأشخاص في غير حالة التلبس ودون صدور أمر قضائي من قبل مأموري الضبط، تحت مسمى "التحفظ"، ويعطي القانون مأمور الضبط الحق في سماع أقوال المتحفظ عليه وعرض المتحفظ عليه بصحبة المحضر على النيابة العامة، وإيداع المتحفظ عليه في الأماكن المخصصة قانونيا، وهو ما يعني أن التحفظ في هذا القانون هو مرادف لعملية القبض، بالإضافة إلى حق النيابة العامة في مد فترة التحفظ لمدة لا تتجاوز سبعة أيام، واستصدار أمر من النيابة بتفتيش مسكن المتحفظ عليه. وهي مادة مشابهة للمادة (1) من قانون الطوارئ واللي بتنص على "القبض على المشتبه فيهم أو الخطرين على الأمن والنظام العام واعتقالهم والترخيص في تفتيش الأشخاص والأماكن دون التقيد بأحكام قانون الإجراءات الجنائية". أما المادة 50 "دوائر قضائية للإرهاب"؛ وخصص المادة؛ لنظر الجنايات من الجرائم الإرهابية، وتُخصص دوائر في المحاكم الابتدائية لنظر الجنح في الجرائم الإرهابية والمرتبطة بها، وتُخصص دوائر في المحاكم الابتدائية لنظر الطعون بالاستئناف في الأحكام الصادرة في هذه الجرائم. وتتطابق المادة 50 مع المادة السابعة من قانون الطوارئ واللي بتنص على "تفصل محاكم أمن الدولة الجزئية البدائية والعليا في الجرائم التي تقع بالمخالفة لأحكام الأوامر التي يصدرها رئيس الجمهورية أو من يقوم مقامه". ولرئيس الجمهورية متى قام خطر من أخطار الجرائم الإرهابية أو ترتب عليها كوارث بيئية أن يصدر قرارا باتخاذ التدابير المناسبة للمحافظة على الأمن والنظام العام بما في ذلك إخلاء بعض المناطق أو عزلها أو حظر التجول فيها، ويتضمن القرار المنطقة المطبق عليها لمدة لاتجاوز 6 أشهر، ويجوز لرئيس الجمهورية مد مدة التدبير المشار إليه. وتتشابه المادة مع المادة السادسة من قانون الطوارئ والتي تنص على "لرئيس الجمهورية إخلاء بعض المناطق أو عزلها وتنظيم وسائل النقل وحصر المواصلات وتحديدها بين المناطق المختلفة، ويجوزبقرار من الرئيس توسيع دائرة الحقوق المبينة بالفقرة السابقة، على أن يعرض هذا القرار على مجلس الشعب في المواعيد وطبقا للأحكام المنصوص عليها في المادة السابقة، ويشترط في الحالات العاجلة التي تتخذ فيها التدابير المشار إليها في هذه المادة بمقتضى أوامر شفوية أن تعزز كتابة خلال8أيام. وتأخذ منظمات حقوقية على القانون أنه: – لم يضع تعريفا للإرهاب وهذا يفسح مكانا للتأويل ويسمح للتقديرات من جانب القضاة والأجهزة الأمنية. – أهمل القانون تحديد الشكل القانوني الذي يتخذه الكيان الإرهابي، حيث عرفه في البداية بأنه الجمعيات أو المنظمات أو الجماعات أو العصابات أو الخلايا أو غيرها من التجمعات ، واختتم التعريف قولا أيا كان شكلها القانوني أو الواقعي متى مارست الغرض منها المادة الأولى من القانون. – يتحول الإدراج على قوائم الإرهاب، من إجراء احترازي مؤقت، إلى عقوبة ممتدة لا يوجد ميعاد حقيقي واضح لإسقاطها على عدد من المعارضين السياسيين والمشتغلين بالمجال العام، وذلك جنبا إلى جنب مع تمديد فترات الحبس الاحتياطي، بما يزيد عن العامين، فيما يعرف "بالتدوير".
والتدوير هو قيام الأجهزة الأمنية والنيابة العامة باتهام المحبوسين احتياطيا في قضايا جديدة، تجعل من حبسهم، حبس لما لا نهاية، ودون صدور حكم قضائي يدينهم بمخالفة القانون. (المادة الثالثة من القانون) البداية انقلابية وأعقب الانقلاب العسكري في يوليو 2013 على الرئيس الشهيد د.محمد مرسي، إعلان حكومة السيسي – الببلاوي جماعة الإخوان المسلمين جماعة إرهابية واتهمتها بالوقوف وراء حادث تفجير مديرية أمن الدقهلية، رغم إعلان جماعة ما يسمى ب"أنصار بيت المقدس" مسؤوليتها عن الهجوم الذي خلف عددا من القتلى. في 17 فبراير 2015 صدر قانون الكيانات الإرهابية وبدأ العمل به في اليوم التالي، ليطبق على الكيانات والأفراد أيضا، حتى وإن كانوا غير منتمين لأي شكل تنظيمي، واحتوى القانون على عدد من المصطلحات الفضفاضة للكيانات الإرهابية أو الأشخاص الإرهابيين. لم يضع القانون تعريفا واضحا للإرهاب نفسه وهو الأمر الذي دفع عددا كبيرا من المنظمات الحقوقية إلى اتهام الحكومة باستخدام هذا القانون لقمع أي صوت معارض لها، بالإضافة إلى تقويض حرية التجمع السلمي وحرية تكوين الجمعيات والأحزاب السياسية وحريات الصحافة والرأي والتعبير. في مارس 2020 تم تعديل تعريف الكيان الإرهابي حيث أضيفت أنواع أخرى من الكيانات التي يمكن اعتبارها إرهابية، وهي الخلايا أو الشركات أو الاتحادات وما في حكمها، وهو ما استخدمته الحكومة ضد عدد كبير من الشركات والمؤسسات مثل ماحدث مع شركة جهينة ومالكها.