تأخر فتح بعض لجان مدرسة الجهاد بمركز البداري، قرية الهمامية في أسيوط، حتى الساعه 10:15 صباحا، نتيجة وصول القاضي متأخرا، وعلى الرغم من قيام اللجنة العليا للانتخابات بمد فترة التصويت حتى التاسعة مساء، فإن القضاة المشرفين على لجان منفلوط قاموا بغلق اللجان عند دقات الثامنة مع وجود أعداد كبيرة من الناخبين ترغب فى الإدلاء بأصواتها، مثل لجنة أبو العباس والتحرير ومركز الشباب والنادى الرياضى، ما أحدث ضجرا كبيرا لدى الناخبين. وكانت هناك محاولات من بعض المنسقين داخل بعض اللجان، كلجنة مدرسة أسيوط الثانوية بنات، حاولوا استغلال ضيق الوقت بعد إغلاق أبواب اللجان بالتأثير على من بداخلها بالتصويت لمرشح بعينه. كما لوحظ وجود مكثف للمنقبات داخل اللجان يقومون بدعاية انتخابية فى لجان السيدات، وأيضا من بين التجاوزات سوء التنظيم الأمر الذى أدى إلى حدوث تزاحم شديد على اللجان، ونتج عنه اصطفاف الناخبين فى طوابير طويلة منذ الصباح الباكر وقبل فتح اللجان بأكثر من ساعة انتظارا للإدلاء بأصواتهم. وتسبب طول الطوابير في إصابة أحد الناخبين بنزيف داخلي، جراء وقوفه لساعات طويلة فى طابور الناخبين أمام لجنة مدرسة النيل، كما أن اللجنة لا يوجد بها أماكن للوقوف أو جلوس للمرضى وكبار السن، وقامت سيارة الإسعاف، الموجودة قرب اللجنة، بنقله إلى مستشفى أسيوط الجامعى. وفي مدرسة الشهيد عبد الله، قرية الطوابية، لوحظ وجود أعضاء من حزب الحرية والعدالة بداخل اللجنة طاولة وجهاز كمبيوتر، وقيامهم باستخراج أرقام الناخبين في الكشوف، وأيضا وجود لافتات دعاية لمحمد مرسي على لجان مدارس "الخيرية – الخياط – الفرنسيسكان". واختفت جداول الناخبين من أمام لجنة مدرسة النهضة في أسيوط، ما أدى لانصراف العديد من المواطنين عن التصويت نتيجة صعوبة حصولهم على أرقامهم فى الكشوف. ومن التجاوزات التى تم رصدها أيضا وجود بطاقات اقتراع غير مختومة، ووجود أسماء لأشخاص متوفين، وعدم وجود أسماء لبعض الناخبين بالكشوف، وجود ملصقات لبعض المرشحين على جدران المدارس ودعايه لبعض المرشحين بالقرب من اللجان.