طالب الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف، بضرورة توحيد المناهج الدراسة الدينية في جميع المدارس العامة والخاصة، وألا تكون هناك أي مناهج دينية خاصة بالمدارس التي تتبع بعض الجماعات أو الجمعيات لا سيما مدارس الإخوان. وأكد جمعة، أن السماح لهذه المدارس بتدريس كتب دينية إضافية تختارها إدارة هذه المدارس بطريقتها بعيدًا عن رقابة التربية والتعليم يشكل خطرًا بالغًا على تشكيل عقول أبناء المجتمع وبخاصة الأطفال. وأضاف الوزير في بيانه، أن الوزارة لن تسمح بانتشار الثقافات الإسلامية الموازية في أي من المعاهد أو المراكز التي لا تخضع لإشراف الأزهر الشريف أو وزارة الأوقاف، وأنه ينبغي وضع جميع المدارس الخاصة التي تتبع بعض الجمعيات الدينية تحت رقابة صارمة مع سرعة التحفظ على المدارس الإخوانية والتغيير الفوري لإدارتها القديمة، ومراقبة جميع المعلمين والعاملين بها مراقبة واعية ودقيقة وصارمة. من ناحية أخرى، أعلن مختار جمعة تأييده أكثر من مرة ل"عاصفة الحزم" وانحياز مصر الواضح لقضايا الأمة العربية وعلى رأسها ما أكده الرئيس عبدالفتاح السيسي رئيس الجمهورية من وقوف مصر بقوة إلى جانب أشقائها في دول الخليج، واعتبار أن أمنها جزء لا يتجزأ من أمن مصر. وحذر جمعة، من خطورة التمدد الإيراني وتدخل إيران السافر في الشؤون الداخلية لبعض الدول العربية، مستنكرًا التصريحات المستفزة لبعض القيادات الإيرانية بشأن السيطرة على القرار السياسي ل4 عواصم عربية، مشيرًا إلى أن إيران تقوم بمناورات سياسية كبيرة لتوسيع نفوذها في المنطقة على حساب الأمن القومي العربي. وجدد تحذيره من خطر التشيع السياسي الموظف لتفسيخ المجتمعات الإسلامية السنية، مؤكدًا أنه لم يسمح للعاملين في الأوقاف بالسفر إلى إيران ولا وجّه لأيّ من رجال الدين بها أيّ دعوة لحضور أي مؤتمر بالأوقاف، مشددًا على ضرورة أن نفرق بين التعامل مع المذهب الشيعي ومن يعيشون من بعض أتباعه مواطنين طبيعيين في بعض الدول العربية كالكويت وغيرها وبين التوظيف السياسي للمذهب الشيعي. وقال جمعة، إنه في الوقت الذي نواجه بقوة التوظيف والاستخدام السياسي للطائفية المذهبية، فإننا نؤكد ضرورة إعلاء جميع المواطنين على اختلاف دياناتهم وأعراقهم ومذاهبهم لمفهوم الدولة الوطنية التي تستوعب جميع أبنائها ما داموا يعلون قيمة الدولة الوطنية على كل العرقيات والمذهبيات، وإلا لتحولت كثير من الدول إلى صراعات طائفية ومذهبية. وأشار إلى أن وزارة الأوقاف لا علاقة لها على الإطلاق بتكريم أحد أو عدم تكريمه في الحفل الذي أقامته مؤسسة التسامح والسلام بالكويت، وأن الشيخة فريحة الجابر الأحمد الصباح رئيسة المؤسسة قد طلبت من وزير الأوقاف بعد منحه الدكتوراة الفخرية في التسامح والسلام، تسليم بعض المكرمين الذين تكرمهم المؤسسة هداياهم التذكارية أثناء الحفل، وهو شأن كويتي خالص لا علاقة للأوقاف المصرية به.