اتهم الدكتور صفوت عبدالغني، القيادي بالجماعة الإسلامية وعضو ما يسمى بالنحالف الوطني، الجيش باستخدام أدوات القمع والبطش في التنكيل بالإسلاميين، مؤكدًا أن الجيش يدرك أن بعضًا من شباب الإسلاميين سوف يكفرون بالديمقراطية ووسائل التغييرالسلمية وتترسخ لديهم قناعة بضرورة الجهاد المسلح والصدام مع الدولة كحل لإقامة الدولة الإسلامية. وقال عبدالغني، في مقال نشره على صفحته بموقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك": "العسكر لم يكتف بانقلابه على الشرعية بل استخدم أبشع أدوات القمع والبطش فى التنكيل بالإسلاميين، وأكثر من المذابح والمجازر الدموية والتى لم تشهدها مصر عبر تاريخها، وقام بعلمنة المساجد وعسكرتها وتجميد الجمعيات الخيرية وأنشطتها وإغلاق المدارس الإسلامية الخاصة وتأميمها وقصف وتدمير المساجد وحرقها والسيطرة على السلطة القضائية وتوجيهها". وأضاف: "أقدم العسكر على الانقلاب على الشرعية وهم يدركون تمامًا أن بعضًا من شباب الإسلاميين سوف يكفرون بالديمقراطية ووسائل التغيير السلمية وتترسخ لديهم قناعة بأنه لا حل لإقامة الدولة الإسلامية والتمهيد لتطبيق أحكام الشريعة إلا بالجهاد المسلح والصدام مع مؤسسات الدولة لتحقيق تلك الأهداف المشروعة والتي عجزت الديمقراطية عن تحقيقها". وتابع: "ويدرك العسكر أن "صناعة الإرهاب"، هي أنجح وسيلة لتخويف الغرب وأمريكا وكسب تأييدهم ودعمهم، ولذا قام السيسي بتحذير أمريكا من أن مصر تعاني حاليًا من أكبر تمرد إسلامي متشدد في تاريخها، وأن هناك حاجة ماسة للمساعدات العسكرية الأمريكية في مكافحة الإرهاب في شبه جزيرة سيناء".