شنّ الدكتور أحمد الطيب، شيح الأزهر، هجومًا على مَن يرتكبون أحداث العنف في جامعة الأزهر، قائلاً: "مَن يعطّلون الطلاب عن أداء الامتحانات ويعتدون على المنشآت ويتطاولون على شيوخ الأزهر لا ينتمون لهذه المؤسسة الدينية". وقال الطيب، في الكلمة التي ألقاها نيابة عنه الدكتور عباس شومان، وكيل الأزهر، في مؤتمر "دور الوعّاظ في مواجهة الفكر التكفيري"، لا نخشى الإرهاب ولا نخشى القائمين عليه وسنقف له بالمرصاد وإن مَن يفسدون في الأرض ويعتدون على من يسهر لحفظ الأمن للبلاد هم أناس لا يعرفون شيئًا عن السياسة ويجب أن يطبق عليهم حد الحرابة. ولفت الإمام الأكبر إلى وجود فتاوى ما أنزل الله بها من سلطان، مشددًا على أن الفتوى لا تؤخذ إلا من الإفتاء والأزهر والأوقاف فليس كل أزهري ممكن أن يفتي إنما للفتوى أهلها، وللأسف يوجد أناس لا دخل لهم بالأزهر يصدرون فتاوى لتحقيق غايتهم، وشدد على أن الأزهر بخير وسنتحدى به الإرهاب، ووصف الطيب ما يحدث من ترويع الآمنين بأنه "جريمة عظمى". وأعلن شيخ الأزهر تأييده لقرارات الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، لإعادة الحق إلى مستحقيه باستبعاد غير الأزهريين من اعتلاء مساجد الأوقاف ومستعدون للتعاون مع دار الإفتاء للتصدي للإرهاب. وقال الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، إن ما يحدث من عنف وتخريب ممنهج إنما هو محاولة لإسقاط الدولة المصرية لمصالح حزبية وشخصية تتلاقى مع مصالح ومؤامرات خارجية، وتتخذ من إنهاك الشرطة والجيش المصري وسيلة لتحقيق مآربها في الحصول على السلطة، ولو أدى ذلك إلى تمزيق الدولة المصرية وكسر شوكتها وضياع القوة الباقية للأمة العربية وقلب العالم الإسلامي، ولكن الله حفظ مصر وسيرد كيد أعدائها في نحورهم. وأشار وزير الأوقاف إلى أن الأزهر بفكره الوسطي المستنير أحد أهم أوجه صمام الأمان لمصر وأهلها، ونظرًا لرمزية الجامع الأزهر والمكانة التاريخية التي يتميّز بها في قلوب المسلمين في العالم أجمع، ولارتباط الأزهر جامعًا وجامعة ارتباطًا أدبيًا وعلميًا وتاريخيًا، ونظرًا لان الأزهر لا يكون طرفًا في المعادلات السياسية إنما يؤدي واجبًا شرعيًا ووطنيًا. ولفت إلى أن الوزارة قررت إسناد الجامع الأزهر إلى المشيخة علميًا وإداريا. ومن جانبه، أكد الدكتور شوقي علام، مفتي الديار المصرية، أن المؤتمر جاء في وقت عصيب لمواجهة العنف والفكر التفكيري الذي يملأ البلاد حاليًا. وشدد على أن وزارة الأوقاف عليها العبء الأكبر وجهد كبير في مواجهة الأفكار التكفيرية الراسخة في عقول الكثيرين. ولفت إلى أن دار الإفتاء أنشأت مرصدًا لمتابعة الفتاوى والأفكار الشاذة التي تهدد أمن المجتمع ثم تفنيد تلك الكوارث والرد عليها بشكل علمي صحيح لتصحيح المفاهيم المغلوطة وتفكيك الفكر التكفيري حتى يتم اقتلاع العنف من جذوره.