رغم فترات التوتر التى شاب فيها علاقة جماعة الإخوان بالأزهر الشريف فتور شديد، فتحت ثورة 25 يناير، الباب لتحسن العلاقة بين المؤسسة الدينية الرسمية، والجماعة، ومع توقع مراقبين وعلماء دين أن تشهد تلك العلاقة تحسنا، فى ظل رئاسة الدكتور محمد مرسى للجمهورية، خاصة أن بعض مشايخ الإخوان أزهريون، يُلمح آخرون إلى غموض العلاقة المنتظرة بين الإخوان والأزهر بسبب ما يبدو أنه مطامع للجماعة فى السيطرة على المناصب القيادية فى الأزهر، حتى يصبح فيما بعد أحد الهيئات الداعمة لفكرها وسياساتها. وقال الشيخ عبدالحميد الأطرش، رئيس لجنة الفتوى فى الأزهر، إن رسالة الأزهر سامية تدعو دائما إلى الوسطية والاعتدال فى كل شىء، فالأزهر أساس الإسلام، وقبلة العلم بالنسبة للمسلمين، لافتا إلى أننا كلنا إخوان وكلنا مسلمون، ولا يمكن أن يدعى تيار أو جماعة احتكار الدين أو تمثيله، فى ظل وجود الأزهر كمرجعية دينية وشرعية للجميع، وبالتالى لابد من احترام الأزهر وعدم المساس به وأن يظل بعيدا عن أى مهاترات أو مآرب سياسية. وأشار الدكتور أحمد كريمة، أستاذ الشريعة بجامعة الأزهر، إلى وجود مخطط إخوانى بعد تولى «مرسى» رئاسة الجمهورية للهيمنة والسيطرة على كل قطاعات الأزهر، وتولى المناصب القيادية، حتى يصبح الأزهر أحد الكيانات الداعمة للجماعة، لافتا إلى أنه لا يستبعد وجود تصفية حسابات من جانب الإخوان مع بعض قيادات الأزهر، خلال الفترة القادمة، على خلفية الأحداث التى تعرضوا لها فى عهد النظام البائد. ودعا «كريمة» إلى ضرورة استقلال الأزهر، حتى يكون بعيدا تماما عن أى هيمنة أو سطوة للحكومات والأنظمة السياسية، وتابع القول: إن الأزهر لن يضطلع بدوره إلا بتحريره، ورفع كل جهات الدولة يدها عنه، وأن يكون مرجعية نهائية فيما يتعلق بأمور الشريعة الإسلامية. وحذر الدكتور محمد الشحات الجندى، عضو مجمع البحوث الإسلامية، من أى محاولات للنيل من مرجعية الأزهر لصالح تيارات أو فصائل سياسية أو دينية، مؤكدا أن الأزهر حائط صد ضد العنف والإرهاب والتشدد، بفضل وسطيته واعتداله ومد جسور التواصل مع الإخوة المسيحيين، وبالتالى سيظل الأزهر شامخا بدوره الوطنى والدينى والدعوى، ولن ينال منه أحد، مشيرا إلى أن الرئيس الجديد بعث برسائل مطمئنة للأزهر وعلمائه فى دعم دوره واستقلاله، وبالتالى ينوى فتح صفحة جديدة مع الأزهر وطى صفحات الماضى الذى شهد شداً وجذباً بين الأزهر والإخوان، فى ظل نظام بائد أفسد العلاقة بين الجميع. وتمنى الدكتور عبدالفتاح الشيخ، رئيس جامعة الأزهر الأسبق وعضو هيئة كبار العلماء، أن تكون العلاقة بين الأزهر والتيارات الدينية قائمة على التواصل والتكامل وأن تصب فى اتجاه وحدة الكلمة للمسلمين، موضحا أن وجود أى خلاف بين الأزهر والتيارات الأخرى سببه أن كلا الطرفين لا يفهم وجهة نظر الآخر، ودعا إلى الحوار والنقاش والحرص على دور الأزهر فى تمثيل الإسلام الوسطى السمح. وأوضح الدكتور يسرى هانى، وكيل اللجنة الدينية بمجلس الشعب «المنحل»، أن العلاقة بين الأزهر والجماعة، أساسها الاحترام، وهو فى عيون الجميع، ومعظم مشايخ الإخوان ينحدرون من أصول أزهرية، وتربوا وتعلموا فى معاهده وجامعته، وأضاف أن الرئيس «مرسى» تعهد باحترام الأزهر وضمان استقلاليته واسترداد دوره وعدم المساس به.