تعد أبرز الاتفاقيات السابقة الموقعة بين مصر وجنوب السودان، هي اتفاق تعاون بين الصندوق الاجتماعي في مصر وديوان الزكاة والإنماء في السودان، واتفاق تحقيق الأمن الغذائي بين شعبي البلدين، واتفاق إقامة مشروع آخر للوقود الحيوي. واتفاق إطاري بين جامعة القاهرة ووزارة التعليم العالي في السودان بشأن عودة بعثة جامعة القاهرة فرع الخرطوم للعمل في السودان، ومذكرة تفاهم في مجال الإصلاح الإداري بين الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة ووزارة العمل والخدمة المدنية وتنمية الموارد البشرية في السودان. كما هناك ومذكرة تفاهم بين البنك المركزي المصري وبنك السودان لتبادل المعلومات والبيانات في المجال المصرفي.- برنامج تنفيذي في مجال الاستثمار بين هيئة الاستثمار المصرية ووزارة الاستثمار السودانية، وبرنامج تنفيذي لحماية البيئة 2011 / 2012 ، ومذكرة تفاهم بشأن آلية تنفيذ عمل اللجنة العليا المشتركة بين وزارتي النقل في البلدين، ومذكرة تفاهم للتعاون الإعلامي، وأخرى للسلامة البحرية .