اعتبرت جماعة الإخوان المسلمين في مصر، اتهامات المعارضة لها بتزوير نتائج الاستفتاء بأنه "اتهام للقضاء المصري لأن الجماعة لا علاقة لها بإدارة عملية الاستفتاء". وقال محمود حسين الأمين العام لجماعة الإخوان المسلمين، في تصريحات خاصة لمراسل الاناضول إن "الاستفتاء تم تحت رقابة كاملة من القضاء وكان هناك قاض على كل صندوق إضافة إلى تواجد الجمعيات الحقوقية والجهات الرقابية ووسائل الإعلام المختلفة ولم يثبت أحد وجود تزوير"، مشيرا إلى وجود بعض التجاوزات التي تأتي في إطار طبيعي. وتابع حسين "هذا الاتهام غير منطقي ولا مقبول بأي حال من الأحوال ولا يمكن تشبيه المشهد الحالي بما تم من تزوير في عهد الرئيس السابق حسني مبارك حيث أن الجميع رأى التزوير الذي حدث في 2010 (انتخابات التشريعية) وتم إبراز جميع الوثائق التي تثبت ذلك وتؤكده"، مطالبا المتهمين بالتزوير بأن يثبتوا ذلك بمستندات وأدلة واضحة. وفي تقييمه لعملية الاستفتاء وفعالياتها خلال اليوم، قال أمين الجماعة: "الشارع المصري أرسل رسالة لكل من راهن على أنه سييأس من الإصرار على تحقيق أهداف الثورة والوصول إلى تحقيق غاياته عبر مسار ديمقراطي سليم مفادها أنه قادر على حماية ثورته بشكل راق ومشرف". وتابع " الاستفتاء شهد كثافة غير مسبوقة دفعت اللجنة إلى تمديد فترة التصويت مرتين واستمرت الطوابير طوال المدة بشكل مفرح يعبر عن عرس ديمقراطي غير مسبوق كشف عن انفصال الشارع المصري عن الجدل المفتعل الذي أبرزه الإعلام المصري ولا جذور له على أرض الواقع". واعتبر حسين أن عملية الاستفتاء شهدت "نزاهة غير مسبوقة وأن جميع ما تم رصده من تجاوزات فهو في إطار مقبول لا يؤثر بأي صورة على النتائج، وأن الاتهامات التي أطلقها البعض لا سند لها وهي موجهة بشكل مباشر للقضاة الذين أشرفوا على عملية الاستفتاء وهم قادرون على الدفاع عن أنفسهم وتفنيد تك الاتهامات" . وكانت قوى سياسية معارضة قد وجهت أصابع الاتهام لجماعة الإخوان المسلمين بالتزوير في عملية الاستفتاء خاصة بعد أن بثت قناة "مصر 25" التابعة للجماعة نتائج للاستفتاء قبل موعد إغلاق مراكز الاقتراع بقرابة 3 ساعات قبل أن تتراجع وتوقف نشر النتائج.