أثارت خطابات مجلس نقابة المهندسين للنقابات الفرعية التي طالب فيها المجلس، بتعويض المصابين وأسر شهداء فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، وضحايا التظاهرات خلال تلك الفترة، أزمة عارمة داخل أروقة النقابة، وعزم العديد من أعضاء النقابة تقديم بلاغات ضد النقيب حامد خلوصي، ومجلس النقابة، كما طالب عدد أخر بسحب الثقة من النقيب وإجراء انتخابات جديدة . وأشار تقرير قام به مرصد استقلال المهندسين، المختص بمراقبة أداء المجلس الأعلى لنقابة المهندسين، بالتعاون مع مؤسسة حرية الفكر والتعبير، حصلت "الوادي" على نسخة منه، إلى أن نقيب المهندسين ومجلس النقابة قامو بعقد مؤتمرات للرئيس المعزول محمد مرسي، وعدد من أعضاء الجماعة بمقار النقابة العامة والنقابات الفرعية في المحافظات، كما تكفلت النقابة بتحمل مصاريف تلك المؤتمرات، من بينها مؤتمرات لحزب الحرية والعدالة في مدينة طنطا، وعقد انتخابات أمانة حزب الحرية والعدالة في الإسكندرية بمقر النقابة، كما سمح لحزب الوسط بعقد مؤتمر في مقر النقابة الفرعية بمحافظة سوهاج، إلى جانب تدشين حزب الوطن بمقر النقابة بمحافظة الإسكندرية. وقال المهندس رفعت بيومي عضو تيار استقلال المهندسين إن:" التيار طالب بسحب الثقة من مجلس نقابة المهندسين بعد أن أصبحت النقابة تخُدم على جماعة الإخوان المسلمين"، وأضاف أن النقابة خلال الفترة التي تولى مجلس النقابة الحالي المسئولية أصبحت لا تدافع ولا تهتم بأعضائها، ولكنها سخرت نفسها لخدمة فصيل سياسي محظور، وصل إلى حد تكريم الرئيس المعزول محمد مرسي، في تحيز واضح وصريح لجماعة مخالفة للقانون. وأردف بيومي أن النقابة خلال الفترة الماضية أرسلت خطابات توضح انحياذها للجماعة المحظورة للنقابات الفرعية تطالبهم فيها بحصر الشهداء والمصابين وحالات الحبس الاحتياطي في أحداث رابعة العدوية وميدان النهضة، إلى جانب معاملة طلاب الفرقة الثالثة والرابعة من كليات الهندسة المصابين والشهداء خلال نفس الفترة معاملة شهداء ثورة 25 يناير. كما اتهم التقرير نقيب المهندسين ومجلس النقابة باندماج المجلس مع السلطة التنفيذية لجماعة الإخوان المسلمين، خاصة بعد انضمام المجلس إلى التحالف الوطني لدعم الشرعية، وتولى أعضاء من المجلس الأعلى مثل الدكتور طارق وفيق، عضو مكمل بالمجلس، حقيبة وزارة الإسكان، مع احتفاظه بمنصبه بالمجلس الأعلى للمهندسين، كما تم تعيين أسامة كمال، وكيل النقابة، محافظاً للقاهرة، وهو ما ينافي مبدأ استقلال النقابة عن السلطة التنفيذية، مما لا يحقق مصالح أعضائها - حسب ما ذكر التقرير، إلى جانب اتهام المجلس بتعمده إخفاء ميزانية النقابة لعامين متتاليين وتقرير الجهاز المركزي للمحاسبات عن أموال النقابة. وأشار التقرير إلى أن مرصد استقلال نقابة المهندسين بالتعاون مع مؤسسة حرية الفكر والتعبير قد أقاما في مطلع أكتوبر الماضي، بتقديم دعوى قضائية حملت رقم 816 لسنة 68 ، كما أعلن طارق النبراوي، مؤسس تيار الاستقلال أن التيار سيتقدم ببلاغ إلى النائب العام السبت القادم، ضد ماجد خلوصي، نقيب المهندسين، بتهمة إهدار أموال النقابة، واختتم قائلا:" لن نصمت على فساد النقيب ولا المجلس الإخواني".