أصدر المقر الباباوى بيانا ممهورا بتوقيع البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ينعى فيه ضحايا قطار البدرشين، كما عبر البيان عن ألم الكنيسة القبطية الأرثوذكسية لوقوع الحادث ، داعيا بالشفاء العاجل للمصابين. وقال البيان :" ننعى ببالغ الحزن والاسي لشعبنا المصري العظيم ضحايا قطار البدرشين الذى كان يحمل خيرة اولادنا من أفراد القوات المسلحة الذين يدفعون حياتهم من اجل مصر وأمنها القومى ، ونحن نتألم لفراقهم وتتأسف الكنيسة القبطية الأرثوذكسية لوقوع هذا الحادث المؤلم. وأضاف البيان: نتقدم بخالص العزاء لكل اسر الضحايا كما نقدم العزاء للرئيس محمد مرسي والفريق اول عبد الفتاح السيسي وقيادات وافراد القوات المسلحة ونطلب من الله ان يتغمد الضحايا برحمته ونطلب العزاء لأسرهم كما نطلب الشفاء العاجل لكل المصابين .