الدكتور محمد شعيرة الرجل الثاني في وزارة التعليم العالي طيلة عشر سنوات تقريباً كان فيها مساعد الوزير لشئون التعليم الالكتروني ونظم المعلومات واستطاع خلال وقت قصير الاتفاق مع عدد من الشركات العالمية والي كانت تسعي الوزارة إلي عقد شراكات معهم مثل شركة Hp وأنتل وIBM والذين ساهموا في تطوير البنية التكنولوجية للجامعات وكذلك ساهمت وIBM في إنشاء مركز النانوتكنولوجي في فرع جامعة القاهرة بالشيخ زايد، وعمل في منصب مستشار وزير التعليم العالي ثم رئيس قطاع الهندسة الصناعية بوزارة التعليم العالي واخيراً رئيس لجنة التخطيط لقطاع الدراسات الهندسية ، عاصر شعيرة خمس وزراء للتعليم العالي اعتبروه جميعاً حلقة وصل قوية بينهم وبين كبار موظفي الوزارة وكذلك القيادات الجامعية المختلفة. بدأ عمله في وزارة التعليم العالي مع تولي الدكتور هاني هلال وزير التعليم العالي منصبه في عام 2007 واستمر في الترقي بعد الثورة ليكمل مسيرته في وجود الوزراء الدكتور عمرو عزت سلامة ومعتز خورشيد وحسين خالد وأخيراً الدكتور محمد النشار. يعتبر شعيرة الرجل القوي الخفي داخل وزارة التعليم العالي حيث أنه مصدر القلق لجميع الموظفين لحزمه الشديد وقوة بأسه علي موظفي الوزارة، اتضح مدي قوته داخل الوزارة عقب ثورة يناير 2011 حينما قامت عدة تظاهرات واعتصامات امام وزارة التعليم العالي من قبل طلاب الجامعة العمالية وطلاب عدد من المعاهد الخاصة الذين يطالبون بمعادلة شهادتهم بمؤسسات جامعية وكان معظمها معاهد تتبع قطاع الهندسة الصناعية مثل طلاب الجامعة العمالية الذين طالبوا بمعادلتهم بكلية الهندسة ووافق الدكتور عمرو عزت سلامة بتصريح مباشر للطلاب وكذلك بإصدار قرار مكتوب بطلب رسمي من جامعة الفيوموالزقازيق لمعادلة شهادة التنمية التكنولوجية للجامعة العمالية بأحدي كليتي الهندسة لخريجي الكلية "أخصائي رقابة الجودة" وبالرغم من موافقة عميد كلية الهندسة جامعة الزقازيق إلا أن الدكتور محمد شعيرة رفض معادلتهم لقناعته الشخصية بعدم جواز معادلة طلاب الجامعة العمالية بكلية الهندسة وكذلك لرفض طلاب كليات الهندسة وأساتذة الكلية رفض القرار وبالتالي توقف العمل بالقرار وأصبح لاغي بتغيير الحكومة وتولي الوزارة الدكتور معتز خورشيد. كما تصدر شعيرة الموقف وظهر مدي قوته كالرجل القوي داخل الوازرة حينما قام طلاب التعليم الصناعي باحتجاز الدكتور عمرو عزت سلامة داخل مكتبه لساعات وتصدي الأمن لهم بلين ولطف ولكن حينما قام الطلاب بالهتاف ضد الدكتور محمد شعيرة والذي كان وقتها يشغل منصب رئيس القطاع الهندسي قام الأمن بالتصدي لهم ورشهم بخراطيم مياة الحريق لمنعهم من التظاهر. وصرح مصدر مطلع داخل الوزارة أن الدكتور محمد شعيرة لا يطمح لأي منصب قيادي أعلي ولا يتمني منصب وزير التعليم العالي لكنه معتز بنفسه وبمنصبه ويرفض تدخل أياً كان في وظيفته حتي ولو كان وزير التعليم العالي أو حتي رؤساء جامعات.