قالت مصادر مطلعة إن أزمة جديدة بين مؤسسة الأزهر الشريف ومجلس الشورى بدأت تلوح فى الأفق بسبب قانون الصكوك الإسلامية، وذلك عقب اعتراض الدكتور حسن الشافعى، عضو هيئة كبار العلماء، على عدم عرض القانون على الأزهر قبل عرضه فى الجلسة العامة للمجلس، الأمر الذى جعل أعضاء مجمع البحوث الإسلامية وممثلى الأزهر يرفضون المشاركة فى جلسة الشورى». وانتقد «الشافعى» استدعاء اللجنة الاقتصادية لرموز الأزهر بقوله «هل من اللائق أن يتم استدعاء رموز الأزهر أم أن يتم إرسال القانون له لبحثه»، مضيفًا فى مكالمة هاتفية داخل المجلس بصوت عال «مستعد لتقديم استقالتى بسبب تجاهل رأى الأزهر، خاصة بعد تسلط المجلس، والذى لا أعلم لمصلحة من يحدث هذا؟». واعترض النائب عبدالله بدران، رئيس الهيئة البرلمانية لحزب النور، على حذف كلمة الإسلامية من القانون، فرد الدكتور أحمد فهمى، رئيس المجلس، «هذا قانون الحكومة»، ما دفع «بدران» للمطالبة بأخذ رأى هيئة كبار العلماء قبل اتخاذ قرار نهائى بشأن القانون استنادا للمادة الرابعة من الدستور، حتى لا يخالف القانون الدستور. وقال الدكتور عصام العريان زعيم الأغلبية بمجلس الشورى «تقديرنا للأزهر لايفوقه أى تقدير، لأنه يتصدى لتيارات نرفض أفكارها، ومن مصلحتنا أن يقول الأزهر رأيه حتى لا تنفرد المحكمة الدستورية بالرأى، عندما تنظر فى مدى مطابقة القانون لنصوص الشريعة» ، مضيفًا: «أربأ بالأزهر الشريف أن يتصور أن سلطاته فى الدستور تسمح له بالاعتداء على سلطات مؤسسات الدولة الأخرى، خاصة أنه الآوان قد آن لإصدار القانون، حتى لا تقع مصر رهينة للاتحاد الأوروبى وصندوق النقد الدولى». من جانبه قال الدكتور أحمد فهمى، رئيس مجلس الشورى: إن المجلس سيعرض القانون على الأزهر الشريف عقب الانتهاء منه.