أكد قيادات الكنيسة المصرية على رفضهم التام لطلب الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح المرشح المستقل لرئاسة الجمهورية بضرورة إخضاع الكنيسة والأزهر لرقابة الدولة .مؤكدين ان الكنيسة لن تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات تحت أي ظرف . قال القمص عبد المسيح بسيط كاهن كنيسة العذراء بمسطرد : لن تقبل الكنيسة أن تفرض أي سلطة في الدولة رقابة مالية علي أنشطتها فالكنيسة ليست جهة حكومية لتتم مراقبتها، وإنما تعتمد على تبرعات أعضائها فقط لتمول نفسها ذاتياً، فلا توجد وزارة أوقاف قبطية. فيما شدد القمص صليب متي ساويرس كاهن كنيسة الجيوشي بشبرا أن الرئيس المقبل نفسه لا يستطيع أن يفرض رقابة مالية علي الكنيسة لأنها مؤسسة روحية وليست جهة حكومية . وكان مشروع قانون دور العبادة الموحد اقترحت احدي مواده أن تخضع ميزانية الكنائس للرقابة المالية ، وهو ما رفضه منصف سليمان المستشار القانوني للبابا شنودة السابق مشدداً أن الكنائس تمول " ذاتياً " وهي كيان مستقل بذاته ولا يحق للدولة أن تراقبه بأي صورة ، ولن تسمح الكنيسة أبدا للجهاز المركزي للمحاسبات أو غيره لتمكينه من الرقابة علي أموال وميزانيات الكنائس .