كشفت تحقيقات قضية التخابر المتهم فيها الرئيس المعزول محمد مرسى و35 آخرين من قيادات وأعضاء تنظيم الإخوان الارهابى، لارتكابهم جرائم التخابر مع منظمات وجهات أجنبية خارج البلاد، وإفشاء أسرار الأمن القومي، والتنسيق مع تنظيمات جهادية داخل مصر وخارجها، بغية الإعداد لعمليات إرهابية داخل الأراضي المصرية. عن وجود تدبير لوسائل تسلل لعناصر من جماعة الإخوان إلي قطاع غزة عبر الأنفاق السرية، وذلك بمساعدة عناصر من حركة حماس لتلقي التدريب العسكري وفنون القتال واستخدام السلاح علي يد عناصر من حزب الله اللبناني والحرس الثوري الإيراني، ثم إعادة تلك العناصر بالإضافة إلي آخرين ينتمون إلي تلك التنظيمات إلي داخل البلاد. وكشفت التحقيقات عن أن التنظيم الدولي للإخوان نفذ أعمال عنف إرهابية داخل مصر، لإشاعة الفوضي العارمة بها، وأعد مخططا إرهابيا كان بين بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية، وهي حركة المقاومة الإسلامية حماس الذراع العسكرية للتنظيم الدولي للإخوان، وحزب الله اللبناني وثيق الصلة بالحرس الثوري الإيراني، وتنظيمات أخري داخل وخارج البلاد، تعتنق الأفكار التكفيرية المتطرفة، وتقوم بتهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية