كشفت استقالة الدكتور محمد منير مجاهد من لجنة العدالة الوطنية بمجلس الوزراء، والتي قدمها الى الدكتور سيف عبد الفتاح مقرر لجنة العدالة الوطنية والمستشار السياسى لرئيس الوزراء، عن دور اللجنة المتراخي في معالجة الأزمات الطائفية" وأوضح مجاهد في استقالته أسباب فشل اللجنة قائلا "انه فوجئ في أول اجتماع للجنة بأنه لم يصدر قرار رسمي بتشكيلها وبتحديد صلاحياتها واختصاصاتها، رغم أن مجلس الوزراء كان قد وافق على تشكيلها فى الحادي عشر من مايو الماضي عقب أحداث كنيسة إمبابة، بل أن أحد أعضاء اللجنة اشتكى من أن أحد العاملين بمجلس الوزراء اقترح عليه أن تتحول هذه اللجنة إلى منظمة غير حكومية". واكد مجاهد أن عمل اللجنة خلال الثلاث اجتماعات التي حضرها تميز بالبطء في اتخاذ القرار، وهو ما ظهر في التعامل مع قضية المواطن بيشوي زارع عبد الحنون بطرس، وفي قضية كنيسة حجازة، وأخيرا في قضية كنيسة الماريناب، وكانت القشة التي قصمت ظهر البعير هي الدعوة العاجلة لاجتماع في أعقاب مذبحة ماسبيرو والتي تحدد لها الساعة التاسعة من صباح 10 أكتوبر 2011، وظل أعضاء اللجنة، الذين حضروا على عجل، في انتظار الدكتور سيف عبدالفتاح مقرر اللجنة أو أي مسئول آخر لأكثر من ساعة دون أن يحضر أو يعتذرأحد، مما دفع عدد كبير من الزملاء للانصراف غاضبين وهم عمرو حمزاوي، وحنا جريس، وجورج اسحق، ومحمد مجاهد. ووصف مجاهد هذا التراخي بأنه "يحمل قدرا كبيرا من عدم الاكتراث بالحدث الجلل الذي كان وراء الدعوة لهذا الاجتماع العاجل، وأيضا من عدم الاحترام لأعضاء اللجنة". وذكر مجاهد فى استقالته أنه "على الرغم من إعلان رئيس الوزراء - بعد المذبحة - النية في إصدار مرسوم بقانون تجريم التمييز وآخر لبناء دور العبادة، فإنه لم يتم توجيه أي دعوات إلى اللجنة العامة للعدالة الوطنية أو اللجنة التشريعية بها، للوقوف على آخر تطورات مشاريع تلك القوانين، رغم ما نشر بالصحف من أن مجلس الوزراء قرر تكليف لجنة العدالة الوطنية بسرعة الانتهاء من الحوار المجتمعي بشأن قانون دور العبادة الموحد، والذي سبق لمجلس الوزراء الموافقة عليه تمهيدا لإقراره في صورته النهائية من المجلس، وهو ما يعني أن المجلس قد قرر استخدام هذه اللجنة كغطاء لقرارات غير مدروسة تأتي في سياق معالجات فاشلة للعنف الطائفي الذي يشجعه رخاوة الحكومة ولجوئها للجلسات العرفية المشينة التي تستخدم للضغط على الضحايا للتنازل عن مطالبهم، وهو ما يشجع المجرمين على معاودة جرائمهم لثقتهم في الإفلات من العقاب". أوضح الدكتور منير مجاهد فى أن "أمله كان كبيرا فى هذه اللجنة، ولكن للأسف الشديد تلاشت كل الآمال خاصة بعد مشاركة الحكومة بشكل اساسى في التمهيد والتنفيذ والتبرير لجريمة ماسبيرو"، التى وصفها بانها جريمة ضد الإنسانية من خلال ممثلين لها وهم محافظ أسوان، الذي أوصت اللجنة بإقالته، ورئيس سلاح الشرطة العسكرية، ووزير الإعلام.