بعد بحث ودراسة استمرت اكثر من عام قررت الجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع بمجلس الدولة تكليف اللجنة المشكلة لإعداد تقرير فى ملف النزاع بين هيئة المشروعات الصناعية و مصلحة الضرائب على المبيعات بفحص أعمال الهيئة العامة لتنفيذ المشروعات الصناعية والتعدينية الفترة من1يناير 2003 حتى30يونيو2007 لبيان مبلغ ضريبة المبيعات المطالب بها الهيئة عن نشاط نولون شحن خام الفوسفات خلال محل الخلاف وعما إذا كانت الهيئة هى المتحملة فعلاً بعبء الضريبة المطالب باستردادها أم أن دورها يقتصر على القيام بتحصيلها من الشركات متلقية الخدمة ثم توريدها إلى المصلحة، على أن تقدم اللجنة تقريراً بنتائج أعمالها ليتم فى ضوء منه حسم النزاع. وكانت الهيئة العامة لتنفيذ المشروعات الصناعية والتعدينية والتى تقوم بإدارة وتشغيل ميناء سفاجا لتصدير الخامات التعدينية ومنها خام الفوسفات، ابلغت الجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع بمجلس الدولة ان مصلحة الضرائب العامة على المبيعات قامت بتحصيل مبلغ ( 654175 ) جنيها قيمة ضريبة المبيعات على نولون شحن خام الفوسفات الذي تم تصديره في حين أن سعر الضريبة على السلع والخدمات المصدرة للخارج صفر، وأن الهيئة قد قامت بمطالبة مصلحة الضرائب العامة على المبيعات مرارا وتكرارا برد المبالغ المحصلة إلا أنها لم تحرك ترد سلبا او ايجابا ، مما دعى الهيئة التى ترى أحقيتها في استرداد مبلغ الضريبة فى رفع الامر للجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع بمجلس الدولة لحسم الخلاف بفتوى قانونية.