بعد قرابة 3 سنوات من دراسة الخلاف القانونى بين الجهتين قررت الجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع إلى تكليف كل من جامعة القاهرة وهيئة مترو الانفاق بتشكيل لجنة مشتركة تضم ممثلي الطرفين والجهاز المركزى للمحاسبات ووزارة المالية ووزارة الإسكان، لإعداد تقرير يتناول الأعمال التى تم تنفيذها بالفعل فى ضوء الاتفاق المبرم بين طرفى النزاع و تحديد ما إذا كانت الجامعة قد أوفت بإلتزاماتها نحو تمكين الهيئة القومية للأنفاق من إستغلال الدور الأرضى مبنى (ب) بمبنى المترو، ومبنى التلغراف والتليفونات من عدمه، وما إذا كانت أعمال التجميل والتنسيق العام التى تمت بمعرفة الجامعة تدخل ضمن مكونات المشروع طبقا للاتفاق المبرم بين الطرفين وتحديد المبالغ المستحقة للجامعة فى النزاع ،وقالت الفتوى فى حيثياتها ان الثابت بالأوراق أن الفصل فى النزاع يتطلب معاينة الموقع محل الأعمال والوقوف على ما نفذ بالفعل منها فى ضوء الاتفاق المبرم بين طرفى النزاع وبيان ما إذا كانت أعمال التجميل التى قامت بها جامعة القاهرة تدخل ضمن أعمال تنسيق الموقع التى تلتزم الهيئة القومية للأنفاق بسداد قيمتها للجامعة طبقا للاتفاق المذكور، وبيان ما إذا كانت الجامعة قد قامت بتمكين الهيئة من إستغلال الدور الأرضى مبنى (ب) بمبنى المترو ومبنى التلغراف والتليفونات من عدمه، وهو الأمر الذى رأت معه الجمعية العمومية تكليف طرفى النزاع بتشكيل لجنة مشتركة من ممثلى الطرفين والجهاز المركزى للمحاسبات ووزارات المالية والإسكان للقيام بالمهام المشار إليها وإعداد تقرير فى شأنها للعرض على الجمعية العمومية تمهيداً للفصل فى النزاع. وكان رئيس جامعة القاهرة قد طلب من الجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع بمجلس الدولة عام 2008 عرض النزاع القائم بين جامعة القاهرة وبين الهيئة القومية للأنفاق حول إلزام الأخيرة بسداد مبلغ (4024868.81) جنيها قيمة مستحقات الجامعة لدى الهيئة القومية للأنفاق وفقا للاتفاق المبرم بين الجامعة والهيئة عام 1999 بالإضافة إلى الفوائد القانونية مشيرا الى أن الهيئة القومية للأنفاق عند شروعها فى إنشاء الخط الثانى لمترو الانفاق (شبرا الخيمة – المنيب) طلبت من جامعة القاهرة قطعة أرض بشارع السودان لإقامة منشآت عليها خاصة بمدخل محطة المترو داخل أرض الجامعة بشارع السودان، على أن تقوم الجامعة بتنفيذ المنشآت بذات المواصفات التى تحددها الهيئة وعلى نفقة هذه الهيئة، وأنه تم الاتفاق على عقد عدة اجتماعات بين ممثلى الهيئة وممثلى الجامعة للتنسيق بين الجهتين للإتفاق على التنفيذ طبقا للبرنامج الزمنى وطبقا للرسومات الهندسية والمعمارية وموافقة المقاول الفرنسى عليها، وطلبت الهيئة من الجامعة إعداد مقايسات تفصيلية تقديرية بتكاليف الأعمال التى ستتحملها الهيئة والتى ستقوم بسداد قيمتها للجامعة على دفعات طبقا لتقدم العمل، وقامت الجامعة بعمل الجسات وإعداد التصميمات والرسومات الهندسية وتم عرضها على مهندسى الهيئة القومية للأنفاق للموافقة عليها تم توقيع الاتفاق بين ممثلين عن الهيئة القومية للأنفاق وعن الجامعة ونص فى البند الأول منه على أن تتحمل الهيئة القومية للأنفاق وأن الجامعة قامت بتنفيذ كامل الأعمال محل الاتفاق، و قامت بصرف مستحقات المقاولين لحين سداد الهيئة المذكورة لهذه المبالغ، وأرسلت للهيئة عدة مكاتبات مرفقا بها صور المستخلصات مطالبة بسداد المبالغ المستحقة للشركات التى قامت بتنفيذ الأعمال والتى بلغت (4024868.81) جنيهًا، وإزاء إصرار الهيئة على الامتناع عن سداد المبلغ المذكور مخالفة بذلك أحكام الاتفاق المبرم بين الجامعة والهيئة، فقد طلبتم عرض النزاع على الجمعية العمومية لقسمى الفتوى والتشريع.