في الآونة الأخيرة، أعلنت الخارجية السودانية استدعاء السفير السوداني بالقاهرة دون إبداء السبب أو مدة بقائه في الخرطوم تزامنًا مع تصاعد الأزمات بين الجانب المصري والسوداني حيال العديد من القضايا أهمها "حلايب وشلاتين" وبناء سد النهضة الأثيوبي. حلايب وشلاتين في إحدى اللقاءات التليفزيونية، أعلن إبراهيم غندور وزير الخارجية السوداني إن حلايب وشلاتين سودانية وأن بلاده لن تتنازل عنهما وأن الخلاف يمكن حله من خلال الحوار أو اللجوء للتحكيم الدولي في الأممالمتحدة، وقال غندور، إن العلاقة مع مصر مقدسة والاختلاف في الرأي بين الأشقاء لا يفسد للود قضية، لافتًا إلى انه أعلن في وقت سابق "سودانية" حلايب وشلاتين من داخل مقر الخارجية المصرية، مؤكدًا أن حكومة بلاده لن تعمل على تصعيد الخلاف على منطقة حلايب إلا بعد استنفاذ كل سبل الحوار.
وبعدها بساعات قال المتحدث باسم الخارجية المستشار أحمد أبو زيد في بيان أصدره أن وزارة الخارجية المصرية بصدد توجيه خطاب إلى سكرتارية الأممالمتحدة لرفض الخطاب السوداني وما تضمنه من مزاعم في هذا الصدد، وللتأكيد أن حلايب وشلاتين أراض مصرية يقطنها مواطنون مصريون تحت السيادة المصرية.
بناء سد النهضة الأثيوبي قال الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي في إحدى خطاباته خلال افتتاح مشروع للاستزراع السمكي بمحافظة "كفر الشيخ"، إنه لن يسمح بالمساس بحصة مصر في مياه النيل، وذلك في إشارة إلى مشروع سد النهضة الذي تبنيه إثيوبيا على أحد روافد النيل، موضحًا أنه تحدث مع قادة السودان وإثيوبيا حول 3 عناصر رئيسية من بينها عدم المساس بحصة مصر من المياه، مُؤكدا أن مصر تتفهم "احتياجات التنمية" في إثيوبيا لكنه أكد على أنه إذا أدت هذه التنمية إلى المساس بالمياه فإن هذا الأمر يعني "حياة أو موت شعب"، على حد قوله.
جاء ذلك بعد أن تعثرت المفاوضات الفنية بين مصر والسودان وإثيوبيا تعثرت فيما يخص فترة ملء خزان سد النهضة الإثيوبي والدراسات الفنية المتعلقة بسلامته.
حظر استيراد المنتجات الزراعية والحيوانية المصرية وفي مايو من العام الماضي، أعلن رئيس حكومة السودان حظر استيراد المنتجات المصرية الزراعية والحيوانية ووقف استيراد السلع التي تعبر الأراضي المصرية من دول أخرى إلى السودان.
ونقلت وكالة الأنباء السودانية الرسمية "سونا"، أن رئيس الحكومة الفريق أول ركن بكرى حسن صالح أصدر قرارا أكد فيه "حظر السلع المصرية الزراعية ومنتجاتها عبر الموانئ والمعابر الحدودية والموجودة داخل الحظائر الجمركية الواردة من جمهورية مصر العربية"، ويستورد السودان من مصر الفاكهة ومنتجات الأسماك، كما أن منتجات عدد من البلاد العربية تمر عبر الأراضي المصرية إلى السودان.