رغم أن عربات الحنطور تعتبر هي العلامة المميزة الثانية التي تأتي خلف المعالم الأثرية لمدينة الأقصر، إلا أنها تتسبب في مشاكل عديدة للأهالي وأصحاب الشركات والمطاعم السياحية، بنشرها الروائح الكريهة الناتجة عن الروث وبول الخيول . يشير محمد فهمي عامل بمطعم سياحي في الأقصر، ل"الفجر"، إلى أن تلك الوسيلة الترفيهية أصبحت في الآونة الأخيرة بعد قرارات المحافظة بنقلها إلى داخل الشوارع الجانبية، عبءعلينا، بما تقوم به الخيول من تبول ينشر الروائح الكريهة التي تتسبب في هروب السياح من تناول أطعمتهم في المطاعم . ويضيف صبري محمود، أحد العاملين بمطعم سياحي، ليس ذلك فقط إنما ما يقوم به أصحاب الحناطير من وضع أطعمة للخيول في الشوارع، وعدم إزالتها، بالإضافة إلى روثها الذي يجعل المنظر مقرف تماما أمام زوار المطاعم والشركات والفنادق، ويعطي انطباع سيء لديهم على عدم الاهتمام بالنظافة . ويوضح حسان عبد الله، أحد الأهالي، أن هذا المشهد يتكرر كثيرا في العديد من المناطق بشوارع الأقصر الجانبية، مطالبا محافظ الأقصر بضرورة نقلهم إلى مواقف بعيدة عن المناطق السكانية لتلاشي الأضرار بالمواطنين من الروائح ومظهر الروث الذي ينتشر في كل مكان . ومن جانبه أشار العميد أحمد طارق رئيس مدينة الأقصر، إلى أن أصحاب الحنطور انتشروا عشوائيًا بعد قيام الثورة في أمام العديد من الفنادق السياحية، فكان قرار المحافظة بعودتهم إلى المواقف المخصصة لهم من قبل بالشوارع الجانبية، وترقيم العربات بلوحات مرورية لمحاسبة المخالفين . وأكد أنه في حالة رصد وجود عربات حنطور تتسبب في انتشار الروث يتم سحب الرخص الخاصة بها ومصادرتها، لافتا إلى أنه لابد على المواطنين التقدم بالشكوى في حالة وجود من يقوم بذلك لمحاسبته .