مع طوفان قطع علاقات عدد كبير من الدول العربية والخليجية مع قطر بسبب دعمها للإرهاب، طال ذلك الطوفان قيادات حركة حماس الموجودين في الدوحة، وبدأت قطر تنكسر أمام قطع العلاقات بإصدار أوامر بترحيل قيادات حماس. أول خطوات ترحيل حماس القصة بدأت عندما سلمت قطر حركة "حماس" المسيطرة على قطاع غزة، لائحة بأسماء أعضاء فى الحركة مطلوب مغادرتهم الدوحة فورا، وذلك في 3 يونيو مع بداية قطع العلاقات بين قطر ودول الخليج مصر. الدوحة وقتها أعربت عن أسفها لإتخاذ هذه الخطوة بسبب ضغوط خارجية، مشيرة الى ان اللائحة ضمت بشكل رئيسى أسماء أعضاء قياديين فى حماس يتواجدون فى الدوحة ويتولون التنسيق مع قيادة الحركة فى الضفة الغربية. مغادرة القيادات للدوحة واليوم، أكّد مسؤول العلاقات الدولية في حركة "حماس" أسامة حمدان، أن قيادات غادروا العاصمة القطريةالدوحة، مبررًا الأمر بأنه مرتبط ب"ترتيب البيت الداخلي" للحركة في أعقاب الانتخابات. وقال حمدان، إن مغادرة الأعضاء سبقت الشروط التي وضعت على قطر، مشيرًا إلى أنه لا مانع لدى الحركة من المساهمة في تخفيف الضغط على الدوحة، وفقًا لوكالة "معا" الإخبارية الفلسطينية. وأشار إلى أن وفدًا من الحركة برئاسة إسماعيل هنية رئيس المكتب السياسي سيزور إيران قريبًا، ضمن جولة تشمل دولًا أخرى لم يحددها، كما أكّد أن وفد الحركة برئاسة مسؤولها في غزة يحيى السنوار، الذي يزور القاهرة حاليًا سيعود إلى القطاع، بينما سيقود هنية الوفد إلى طهران، موضحًا أن مناخ زيارة القاهرة كان إيجابيًّا حتى الآن وقد يثمر تفاهمات حول قضايا تخص الجانبين. إيران الدولة البديلة لحماس ويبدو أن إيران ستكون الدولة البديلة التي ستتعامل معها حماس بعد تخلي قطر عنها، فيرى متابعون أن التطورات في المنطقة، تعمّق من أزمات حماس الداخلية وتقوض الدعم المقدم لها من قبل بعض الدول العربية. وقال مصدر قريب من حماس في القاهرة لصحيفة "العرب" إن الحركة ستبتعد قليلا عن الدوحة حتى تهدأ العاصفة، لكنها لم ولن تقطع علاقتها بإيران لأنها حتى وإن قطعت أو خففت من هذه العلاقات فهي في نظر الرياض مرتبطة بإيران، وبالتالي فإننا مستمرون". وأضاف المصدر، أنه توجد أصوات كثيرة داخل الحركة ترى ضرورة تطوير العلاقة مع طهران خلال الفترة المقبلة، لكن توجد كذلك آراء مقابلة تطالب بالتهدئة لعدم تصعيد الموقف مع الدول التي قطعت علاقاتها مع قطر. وأكد أن "حماس لن تبدي أي موقف علني خاص بالأزمة القطرية، وسوف تقف على الحياد حتى لا تحسب على أي طرف وتتضرر مصالحها ويتأثر مشروعها مستقبلًا عندما تعود الأمور إلى طبيعتها، لكنها سوف تعتمد على الدور المصري حاليّا". وأشار المصدر المقرب من حماس إلى أن قطر لم تطلب صراحة من قيادات الحركة أن يغادروا أراضيها، لكن العديد من القادة تركوا الدوحة بالفعل من تلقاء أنفسهم حتى لا تتعرض للمزيد من الحرج بسببهمة. لبنانوماليزياوطهران ولفت إلى أنه يجري حاليّا بحث وجهة المقر الجديد للحركة خارج قطر، ولم يتحدد بعد سواء كان لبنان أو ماليزيا أو الاستقرار في القطاع وربما طهران.