تلاحقه اتهامات بالإلحاد وازدراء الأديان، هو سيد القمني الذي أعلن عن نفسه أنه يتبع فكر المعتزلة، في حين وصفه الكثيرون بأنه مرتد ومرتزق لدى المؤسسات المعادية للإسلام في الوطن العربي طالب مرارا وتكرارا بضرورة تغيير المناهج الدينية الإسلامية وخاصة في السعودية، مبررًا بأن هناك نصوص معينة في تلك المناهج من وحي الفكر الوهّابي تشجع على الإرهاب وتكفير الطوائف بداياته مع الفكر الإسلامي ولد المفكر السياسي سيد القمني في الثالث عشر من مارس 1947 بمدينة الوسطى في محافظة بني سويف، معظم أعماله الأكاديمية تناولت ملفات شائكة في التاريخ الإسلامي. وترجع بدايات "القمني" بالتعمق في التاريخ الإسلامي إلى نكسة 1967، فبدأ القمني وعلى لسانه تساؤل، ماذا حدث؟، وقرر أن يضع يده على جوهر المشكلة والتي لم تكن إخفاق عسكري بل كانت حسب رأيه متأصلة في الفكري الإسلامي، وفي خطواته الأولى نحو هدفه أعلن رفضه لفكرة أن الموروث الثقافي العربي يبدأ من بدأ الرسالة الإسلامية بل إنه مجموعة من التراكمات الثقافية والحضارية لشعوب كانت في منطقة الشرق الأوسط قبل وبعد ظهور الإسلام وأنه من المستحيل لثقافة أو حضارة أن تتكون من نقطة ابتداء محددة معلومة وأن تفكير البعض أن الثقافة العربية بدأت مع بدأ الوحي أمر غير منطقي يجعل الإنسان يؤمن بأنه لم يكن هناك أي دور للحضارات والشعوب التي سبقت الإسلام في الصياغة والإعداد لظهور الإسلام. هدف "القمني" إدراك ومعرفة جذور طريقة تصرف المسلمين والعرب وفتح نوافذ قديمة للوصول إلى اكتشاف حقيقة النفس هل المصري على سبيل المثال عربي أم مسلم متشدد أم مصري وانعدام وضوح الرؤية حول الشعب الشرقي حسب رأيه. رغبته بالإلحاد وطالب بحرية الإلحاد في المجتمع لخلق مجتمع صحي، وفتح الأبواب للنقاش، قائلاً: "الإلحاد اعتقاد، ووجوده شيء لطيف، والإيمان مسألة قلبية ولا يوجد مشكلة مع الإلحاد خاصة أنها ظاهرة عالمية". آرائه المناهضة ل "القرآن" منذ أن تخصص "القمني" في الكتابة بالتاريخ الإسلامي، تطاول "القمني" على القرآن الكريم قائلا :"بأنه نص تاريخي يقبل النقد"، كما فرض ذلك بقوله أن القرآن له بعدان أولهما حقيقة تاريخية والآخر روحي أسطوري لم يحدث وإنما يمكن اعتباره رموز وليس حقائق تاريخية. ويرى "القمني" أن القرآن يجسد نصّا تاريخيّا ووضعه موضع النقد الإصلاحي لا يمثل ردة أو استخفافًا بالقرآن فهو يعتبره "اقتحامًا جريئًا لإنارة من سبقوه على أن تظل معتمة وبداية لثورة ثقافية تستلهم وتطور التراث العقلاني في الثقافة العربية الإسلامية ليلائم الإسلام احتياجات الثورة القادمة" على حسب رأيه. هجومه على الدولة لا يفوّت "القمني" فرصة مهاجمة الدولة، قائلا: " كان من المنتظر أن تقف بجوار المفكرين والمحلّقين دينيًا، أو المحلّقين فوق الدين، إلا أن الحكومة طاردتهم في الشوارع"، مضيفا: "الدولة تكره المفكرين". أهم كتبه من أبرز كتبه، كتاب الحزب الهاشمي وتأسيس الدولة الإسلامية، فقد حلل "القمني" التاريخ الإسلامي على أساس كونه ظاهرة بشرية وليست كمسيرة دينية، تحركها إرادة الله، بل إن الإسلام يصبح أقرب إلى رسالة سياسية هدفها الأول في تكوين دولة الحزب الهاشمي، حسب رأيه، في حين اعتبره البعض أنه ضربات خفية للإسلام، إضافة إلى كتاب إسلاميات وإسرائيليات، وعدة إصدارات أخرى. جائزة الدولة التقديرية فاز "القمني" بجائزة الدولة التقديرية في العلوم الاجتماعية لعام 2009 التي تبلغ قيمتها مائتا ألف جنيه مصري، والتي أثارت جدلاً حول استحقاقه لهذه الجائزة، فقام الداعية الإسلامي الشيخ يوسف البدري برفع دعوى قضائية، ضد كل من وزير الثقافة فاروق حسني وأمين عام المجلس الأعلى للثقافة علي أبو شادي وشيخ الأزهر، بدافع أنه إهدارًا للمال العام لأنهما من وجهة نظره يسيئان إلى الذات الإلهية وإلى الإسلام. مقالاته المهاجمة للإسلام تصاعدت لهجة مقالات "القمني" ضد الإسلام وكانت أكثر هذه المقالات حدّة ذاك الذي كتبه على أثر تفجيرات طابا في أكتوبر 2004، وكان بعنوان: "إنها مصرنا يا كلاب جهنم!"، هاجم فيه شيوخ ومدنيي الإسلام السياسي، وكتب: "أم نحن ولاية ضمن أمة لها خليفة متنكّر في صورة القرضاوي أو في شكل هويدي تتدخل في شؤون كل دولة يعيش فيها مسلم بالكراهية والفساد والدمار، ويؤكد وجوده كسلطة لأمة خفية نحن ضمنها". تهديدات ل" القمني" على إثر هذا المقال، تلقى القمني العديد من التهديدات، إلى أن أتى التهديد الأخير باسم "أبو جهاد القعقاع" من "تنظيم الجهاد المصري"، يطالبه فيه بالعودة عن أفكاره وإلا تعرّض للقتل. "القمني" يعلن توبته على إثر ذلك كتب "القمني" رسالة بعثها إلى وسائل الإعلام وإلى مجلته روز اليوسف، يعلن فيها توبته عن أفكاره السابقة وعزمه على اعتزال الكتابة، صوناً لحياته وحياة عياله. واستقالة "القمني" عام 2005، الذي عبر عنها بقوله "وبهذا أعلن استقالتي ليس من القلم وحسب، بل ومن الفكر أيضاً، إلا أنه لازال يطالب بتطبيق أفكاره في الخفاء حتي لا تخرج إلى النور ويعاقب على إثرها".