تعتبر المجازر من أكبر مصادر التلوث البيئي بمحافظة سوهاج، لعدم توصيل غالبيتها بمرفق الصرف الصحي، وطفح المياه الملوثة بالدم والروث في أرضية المجازر، فضلا عن تهالك مبانيها، وتواجدها وسط الكتل السكنية في المدن والمراكز والقرى. أدي عدم تغطية المجازر بمرفق الصرف الصحي إلي جعلها برك ومستنقعات خصبة لجميع الجراثيم والميكروبات والطفيليات التي تدمر صحة الإنسان، ومأوي للكلاب والقطط والفئران، أمام مرئ ومسمع مسئولي الطب البيطري والوحدات المحلية وشركة المياه.
ولجأ عدد من الجزارين إلي الذبح خارج المجازر، علي حواف الترع والمصارف، والطرقات العامة دون وجود أدني رقابة علي اللحوم أو كشف علي الحيوانات قبل ذبحها، لبيان ما بها من إصابات ظاهرية وأمراض جلدية قد تضر بصحة المستهلك، وعلل الجزارين ذبحهم خارج المجازر بأن الطب البيطري يقوم بتحصيل رسوم منهم علي الذبح تحت العديد من المسميات مثل عوايد وتأمينات وبدل نظافة دون وجود أدنى خدمة .
حتي نهر النيل لم يسلم من الذبح علي ضفافه في مراكز البلينا والعسيرات والمنشاة، ويقوم الجزارين بالذبح وإلقاء الدم والروث والمخلفات من العظام وغيرها في مياه النيل مما يجعل المياه أكثر عرضة للتلوث. وطالب الجزارين بإعادة نظر محافظ سوهاج إلي جميع مجازر المحافظة وتجديدها وتصميمها علي أحدث نظام وتوصيلها بالصرف الصحي، وتوفير خزانات مياه لغسل اللحوم في حالة انقطاع المياه، ووجود محارق بها للحيوانات التي يتم إعدامها من قبل الأطباء الذين يوقعون الكشف الطبي علي اللحوم، وكذلك إلزام الجزارين بنقل اللحوم بطريقة صحية من المجزر للمحل .
ورصدت عدسة الفجر العديد من المخالفات الجسيمة، منها قيام بعض العاملين بمجزر طهطا بسلخ أرجل ورؤوس المواشي بطريقة عشوائية، وتفريغ أمعاء المواشي أمام باب المجزر الرئيسي، ودخول الكلاب والقطط داخل المجزر أثناء عملية الذبح، وفي مركز البلينا وبالتحديد في قرية بني حميل تم رصد قيام أحد الجزارين بالذبح خارج المجزر وتعليق الذبيحة في " كبشة" لودر أمام مرئ ومسمع الجميع . وقال محمد السيد جزار من طهطا، إن بعض الجزارين ممن يقوموا ببيع اللحوم في المدينة يذبحون داخل الأحواش والمنازل، فضلا عن ذبحهم إناث وبيعها علي أنها ذكور . من جانبه أعرب الدكتور أيمن عبد المنعم، محافظ سوهاج عن استياءه من حالة مجازر المحافظة، ووعد ببحث متطلباتها وتطويرها تباعا حفاظا علي صحة المواطنين، ولفت أنه سوف يقوم بزيارات لمجازر . وقال أحمد البدري، مدير عام الطب البيطري بسوهاج إنه تقرر ذبح الأضاحي للمواطنين داخل مجازر المحافظة هذا العام بالمجان دون أي رسوم، وأنه تم تشكيل فرق وحملات بالتنسيق مع مباحث التموين للمرور علي المدن والمراكز والقرى لمتابعة شوادر اللحوم ومحال الجزارة، والكشف عن مدى صلاحية اللحوم للاستهلاك الأدمي وخلوها من الأمراض من خلال أطباء ببيطرين مختصين في هذا الشأن. وأكد " البدري" أنه سوف يتم تحرير محاضر من قبل الحملة، ممن لم يثبت قيامه بذبح المواشي والأضاحي خارج المجازر، وذلك حفاظا علي نقاء وجمال البيئة السوهاجية، ومنع انتشار الحشرات والذباب والبكتريا والروائح الكريهة التي تنتج عن الذبح خارج السلخانات .