اختلف أعضاء مجلس الشعب حول دستورية إنشاء محاكم ثورية، لمحاكمة الرئيس المخلوع وأعوانه، بعد حصولهم على البراءة فى عدد من الجرائم المنسوبة لهم، فيما طالب آخرون بتفعيل نصوص محاكمة الرئيس، فى دستور 1971 المعطل، من خلال إعلان دستورى جديد من المجلس العسكرى الحاكم، بما يسمح بمحاكمة مبارك وقيادات حكمه، بتهمة الخيانة العظمى، أمام محاكم يحددها القانون. من جانبه قال النائب سعد عبود، إن أى ثورة تقوم لتفرض قوانينها الخاصة لمواجهة الثورة المضادة، وكل ثورة لها قانونها، وعليها أن تصفى خصومها، التصفية ليست فقط جسدية، وإنما قد تكون بالإبعاد عن مفاصل الحكم والدولة. وعن عدم دستورية المحكمة الخاصة أو الثورية قال عبود إن الثورة قامت لتهدم نظاماً بأكمله وإسقاط دستور 71، وعندما ترى الثورة نفسها فى خطر ستسقط الإعلان الدستوري، لأن الثورة من حقها أن تؤمن نفسها. بينما ذهب النائب محمد العمدة، وكيل اللجنة التشريعية بمجلس الشعب، إلى أنه من الصعب إصدار قانون لمحاكمة رئيس الجمهورية فى الوقت الحالى لأن النص على محاكمة الرئيس جاء بدستور 71 وهو معطل الآن، ولم يأت أى نص فى الإعلان الدستورى يشير إلى محاكمة رئيس الجمهورية، لافتا إلى ضرورة الانتظار حتى يصدر الدستور الجديد للبلاد ويكون به نص صريح لمحاكمة الرئيس، وأضاف العمدة أنه حتى وإن صدر قانون لمحاكمة رئيس الجمهورية حاليا لا يجوز تطبيقه على مبارك لأنه لا يجوز تطبيق أى قانون بأثر رجعى على أى متهم. ولفت العمدة إلى أنه لا يمكن الحديث الآن عن المحكمة الثورية لأننا نعمل وفقًا للإعلان الدستوري، والثوار ينشدون دولة مدنية ديمقراطية حديثة، لا تخترق القانون ولا تخالف صحيح الدستور. وقالت نائبة حزب الوفد الجديد مارجريت عازر إن تشكيل محكمة خاصة لمحاكمة شخص واحد أمر غير دستورى، كما لا يمكن أن يصدر قانون من أجل متهم واحد فقط، وأضافت أنه من الضرورى احترام أحكام القضاء وعلى المعترضين على الحكم الصادر بحق مبارك وأفراد نظامه أن يذهبوا إلى درجات التقاضى الأخري، لا أن نشكل محكمة خاصة غير دستورية لإعادة المحاكمة من جديد. نائب حزب الحرية والعدالة محسن راضي، طالب بإعادة تشكيل محكمة عاجلة، غير استثنائية، لإعادة محاكمة رموز النظام السابق، تضمن لهم العدالة وفى نفس الوقت تحقق إجراءات تحقيق عادلة، وحق الحصول على المستندات التى تدل على الإدانة، وأن تقوم هذه المحكمة بالتحرى من جديد عن قتلة الشهداء، «لأننا لدينا 1000 شهيد ولابد إن نعرف من قتلهم ومن قال للقاتل أقتلهم»، وقال راضى ان حزب الحرية والعدالة لن يصمت على ما جرى بالمحكمة، وسيكون الأمر محل نظر واهتمام بالبرلمان. وأكد الفقيه الدستورى عصام الإسلامبولى أن المحاكم الثورية تصدر بقانون خاص أو بقرار صادر من الجهة أو الهيئة التى قادت الثورة أو التى كلفتها الثورة بالمرحلة الانتقالية، وتتكون هذه المحاكم من عناصر قضائية أو قضائية وسياسية أو سياسية فقط، ومن الممكن أن تتشكل المحكمة من ممثل للثورة بجانب القضاة، مشيرا الى أن المحاكم الثورية ليس لها شكل ثابت، وأن مجلس قيادة الثورة يصدر مرسوما بقانون بإنشاء هذه المحكمة. ومن ناحية أخرى تقدم النائب مصطفى النجار بمشروع قانون لمناقشته بمجلس الشعب تحت اسم «العدالة الثورية» ويقترح مشروع القانون إنشاء هيئة «المحاسبة والعدالة» حيث تتكون من قضاة حاليين وسابقين وبعض الشخصيات العامة محل التوافق المجتمعى بشرط عدم توليهم مناصب تنفيذية فى النظام البائد أو معروفين بولائهم له. وطالب الدكتور عادل عفيفى رئيس حزب الأصالة المجلس العسكرى بإصدار إعلان دستورى يقضى باتهام الرئيس المخلوع مبارك بتهمة الخيانة العظمى وارتكاب جرائم جنائية ومحاكمته أمام محكمة خاصة يصدر مجلس الشعب قانونًا بتشكيلها. وأضاف عفيفى أن المادة 85 من دستور 1971 تتيح اتهام الرئيس بالخيانة العظمى أو بأى جريمة جنائية أخرى على أن يكون هذا بطلب مقدم من ثلث أعضاء مجلس الشعب وتكون محاكمة الرئيس أمام محكمة خاصة ينظم القانون تشكيلها وإجراءها، إلا أنه نظرا لتعطيل دستور 1971 بنص الإعلان الدستورى الصادر من المجلس العسكرى فإن استخدام هذه المادة غير ممكن ولذلك فهو يطالب بإصدار إعلان دستورى يتضمن هذا التعديل.