فى ثانى أيام الإنتخابات الرئاسية 2012 بمحافظة الأقصر ، تم رصد عدد من الإنتهاكات والتجاوزات ومنها تأخر القضاة فى فتح أبواب اللجان للناخبين فى لجنة مدرسة الشهيد مرتضى ، ولجنة مدرسة حاجر الطود ، ومدرسة الطود الإبتدائية ، وذلك بمركز الطود بالأقصر ، وتأخر فتح اللجان لمدة ساعة كاملة لتأخر وصول القضاة. كما شهدت لجنة 6 بمجلس مدينة إسنا خرق للصمت الإنتخابى من جانب أحد أنصار الدكتور "محمد مرسى" وبعض الناخبين ، مما أسفر عن وقوع مشادات كلامية وتم السيطرة على الموقف. رصد مراقبو الجمعية المصرية لدعم التطور الديموقراطى بالأقصر ، قيام أنصار الدكتور محمد مرسى بتوزيع كروت شحن على الناخبين بلجنة الشهيد هاشم بقرية الدير بإسنا ، كما رصدوا وقوع اشتباكات بالأيدى بين أنصار كلا من "عمرو موسى" و"محمد مرسى" و "حمدين صباحى" وذلك بلجنة مدرسة الزينية للتعليم الأساسى بالأقصر. ومن ناحية أخرى ، رصدت غرفة عمليات 6 أبريل قيام بعض مراقبين منظمات المجتمع المدنى بالدعاية للمرشح "حمدين صباحى" بلجنة مدرسة الشهيد محمود حسن بقرية الدير بمركز إسنا جنوبالأقصر. كما رصدت قيام مستشار لجنة الشيخ على بالكرنك بطرد أعضاء حزب الحرية والعدالة لقيامهم بالدعاية للدكتور "محمد مرسى" أمام اللجنة. ورصدت منظمات المجتمع المدنى بالأقصر استخدام مسجدى الشيخ القرعانى ، ومسجد الوحدة بمركز الزينية بالأقصر فى الدعاية للدكتور "محمد مرسى" بما يخرق الصمت الإنتخابى. وعلى صعيد آخر ، قام رئيس لجنة الشهيد محمد نور بمركز إسنا جنوبالأقصر بفتح صندوق الإقتراع وبدء فرز الأصوات ، كما تبين عدم وجود حبر فسفورى باللجنة منذ الصباح ، وعلى الفور انتقلت اللجنة العليا للإنتخابات بإسنا برئاسة المستشار أبو الحسن محمد ضياء الدين للتحقيق فى الواقعة