وجهت حركتى حماس والجهاد الإسلامى إنتقادات لاذعة للشيخ على جمعة بسبب زيارته للإراضى المحتلة وأداء الصلاة داخل المسجد الاقصى . ونقلت الإذاعة الإسرائيلية تصريحا للمتحدث الرسمى لحركة حماس "سامى ابو ظواهرى" الذى وصف الزيارة بالتطبيع مع الإحتلال الصهيونى ,فى حين صرح مسئول قيادى كبير بحركة الجهاد الإسلامى أنه على جمعة قد أخطأ فى الذهاب الى القدس فى ظل إحتلال الصهاينة للمدينة المقدسة . ونقلت الإذاعة الإسرائيلية ردود أفعال التيارات الدينية فى مصر على زيارة على جمعة للقدس وذكرت أن جماعة الأخوان المسلمين وصفت الزيارة بالكارثة ,كما طالب أعضاء التيار السلفى بعزل الشيخ على جمعة عن منصبه فورا ,وأشار التقرير أن الشيخ على جمعة قد قطع زيارته للأردن وعاد لتوه مسرعا إلى القاهرة بسبب الإنتقادات الشديدة التى صاحبت زيارته للأراضى المحتلة .