تبرأت الطريقة النقشبندية المصرية من جيش الطريقة النقشبندية فى العراق، وخاصة بعد اشتراك أبناء الطريقة النقشبندية فى العمليات المسلحة التى يشنها تنظيم دولة الإسلام "داعش"، على معاقل الجيش العراقى فى عده محافظات عراقية . وقال القائم بشئون شيخ الطريقة النقشبندية المصرية، إن الفكر الصوفى لايمكن بأى حالاً من الأحوال أن يتقبل الفكر المتطرف الإرهابى الذى تمثله حركة داعش الإرهابية، وعلى ذلك فمن الخطأ أن ينضم فصيل صوفى لاى حركة ارهابى تمثلف خطر على الوطن او البلد التى تعيش فيها هذه الطريقة او غيرها .
وطالب القائم بأعمال شيخ الطريقة الاعلام المصرى بتحرى الدقة وعدم الزج بأسماء ابناء النقشبندية الصوفية المصرية فى اى كتابات صحفية تستهدف زعزعة أمن واستقرار الوطن .