رصدت غرفة المراقبة التابعة لمركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، مع بدء عملية التصويت في يومه الأول، عددًا من المخالفات التي وقعت أثناء إدلاء الناخبين بأصواتهم. ورصدت غرفة العمليات استيلاء مجهولين بلجنة 49 في أسيوط على الأوراق الخاصة بالانتخابات، بالإضافة إلى مجهولين آخرين أشعلوا النار في سيارة ملك النقيب حسام عبدالعال من قوة قسم حلوان.
كما تم فتح أبواب اللجان أمام المواطنين في معظم المحافظات، وسط تكثيف أمني شديد من قوات الجيش والشرطة، وظهور أفراد تأمين نسائية في لجان السيدات في أغلب المحافظات، مع قيام الأمن بتفريق مسيرة للإخوان قبل أن تبدأ في شارع الهرم.
وأيضًا تم منع مراقبي مركز ابن خلدون من متابعة عملية الانتخابات في قرية غزالة التابعة لمركز السمبلاوين بمحافظة الدقهلية في لجان 84 و85 و86 و87، وبمحافظة بور سعيد في مدرسة الزهور، رغم وجود تصاريح، وإبلاغهم أن المراقبة مسموحة فقط للمراقبين الدوليين.
ورصدت الغرفة إبطال مفعول قنبلة بجانب مدرسة الفيوم الإعدادية الحديثة، وتواجد بطاقات للتصويت غير مختومة في لجنة 2 مدرسة السلام الابتدائية محافظة البحيرة، كما رصدت في الشرقية دائرة صان الحجر لجنة البكارشة منع المراقبين من متابعة عملية الاقتراع.
أيضًا لوحظ عدم وجود ساتر في اللجان 26 الغربيةطنطا، ومكبرات للصوت أمام اللجان تحث المواطنين على المشاركة بقرية بحر البقر الشرقية، مع تأخير لأكثر من ساعتين بلجنة المدرسة الثانوية التجارية ببور فؤاد محافظة بورسعيد، وازدحام المواطنين أمام اللجنة وذلك لضم 3 لجان بلجنة واحدة، وقاضٍ واحد، وصندوق انتخابي واحد.
كما تم رصد حشد للناخبين بالسيارات ونقلهم للجان من قبل مؤيدي "السيسي"، وحزب النور يدل الناخبين على لجانهم، بالمعهد الديني صان الحجر بالشرقية.
وطالب مركز ابن خلدون اللجنة العليا للانتخابات بحث القضاة على عدم البطء في تسيير عمل اللجان؛ وذلك لعدم التأثير على نسبة المشاركة.
وبالإضافة إلى ذلك رصد المركز خلال الساعات الأولى من بدء عملية التصويت، محاولة الاعتداء على المرشح الرئاسى عبد الفتاح السيسي خلال إدلائه بصوته في مصر الجديدة داخل اللجنة، ولكن تصدت حراسته الخاصة للمحاولة، وأبعدت الشخص الذي حاول الاعتداء، بينما أدلى حمدين صباحي بتصريحات عقب تصويته وهو ما يعد مخالفة للقانون.
وشهدت مدرسة الأورمان الفندقية الثانوية بمحافظة القاهرة ازدحامًا شديدا أدى إلى فتح اللجان قبل موعدها بنصف ساعة، وفى المنيا لجنة 40 و41 مركز بني مزار، تأخر في فتح اللجان حتى 9:24، ومحافظة الغربية لجنة 24 دائرة طنطا مدرسة النسيجية شهدت استمرار التصويت رغم وجود الحبر الفسفوري، وفى بلبيس شرقية نشبت مظاهرات لجماعة الإخوان الإرهابية لمنع المواطنين من الذهاب للتصويت.
ورصد المركز اشتعال صندوق قمامة أمام إحدى اللجان في محافظة الإسكندرية، مع استمرار لتوافد الناخبين أمام اللجان بشكل كثيف في "الإسكندرية، وكفر الشيخ، ودمياط، والجيزة، ومرسي مطروح، والسويس، وأسيوط، والدقي، ومصر الجديدة.
كما رصد بدء رؤساء اللجان في تسلم كشوف الناخبين، استعدادًا لبدء التصويت، مع بدء التصويت بلجنة خديجة بنت خويلد شارع الهلالي بمحافظة أسيوط، قبل موعد الرسمي بربع ساعة.
ورصت غرفة العمليات قيام مجهولين بلجنة 49 في أسيوط، بخطف الأوراق الخاصة بالانتخابات، بالإضافة إلى مجهولين آخرين قاموا بإشعال النار بسيارتين ملك النقيب حسام عبدالعال من قوة قسم حلوان.