قام البابا تواضروس الثاني , بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية بإصدار القرار البابوي رقم 29 لعام 2013 , والذي يُفيد تعيين الدكتور سامي صبري شاكر المُشرف على قسم الفن القبطي بمعهد الدراسات القبطية عميداً للمعهد. كما أصدر القرار رقم 30 لعام 2013 والذي يُفيد تعيين الدكتور عادل فخري صادق وكيلاً للمعهد ورئيساً لقسم الأثار.
والجدير بالذكر أنه منذ رحيل البابا شنودة الثالث بطريرك الأقباط الأرثوذكس رقم 117 , تولى الأنبا بيشوي مطران دمياط وكفر الشيخ ورئيس دير القديسة دميانه للراهبات الأقباط الأرثوذكس رئاسة المعهد , بينما كان الدكتور سامي صبري شاكر وكيلاً للمعهد , وكان الدكتور عادل فخري صادق أستاذاً بقسم الأثار.