قامت الأجهزة الأمنية فى القاهرةوالجيزة، بالتنسيق مع الأمن العام فى المحافظات، بوضع قوائم "ملاحقات جنائية" ضمت قيادات الصف الأول فى تنظيم الإخوان بعد تورطهم فى الجرائم الجنائية التى أصدرت النيابة العامة فيها قرارات ضبط وإحضار، بعدما أدانتهم تحريات المخابرات العامة والأمن الوطنى بتورط جميع القيادات، بداية من محمد بديع، المرشد العام، فى قضايا قتل المتظاهرين خلال ثورة 30 يونيو وأحداث الحرس الجمهورى والنصب التذكارى وميدان رمسيس وبين السرايات والإسكندرية والمنصورة واشتباكات المحافظات المختلفة، وقضايا التعذيب التى تعرض لها العديد من المواطنين المعارضين لمحمد مرسى داخل ميدانى رابعة والنهضة وأسفرت هذه الممارسات عن مقتل 11 فردا وإصابة العشرات. وجاء ضمن قائمة الملاحقات من قيادات الإخوان كل من : محمود حسين، أمين عام جماعة الإخوان المسلمين، على خلفية اتهامه وآخرين بالتحريض على أحداث اشتباكات الحرس الجمهورى، وعصام العريان وصفوت حجازى ومحمد البلتاجى؛ لاتهامهم فى الاشتباكات المختلفة التى وقعت بين الإخوان وأجهزة الأمن، سواء فى أحداث الحرس الجمهورى أو اشتباكات طريق النصر، كما ضمت القائمة كذلك طارق الزمر، القيادى بالجماعة الإسلامية، بتهمة التحريض على العنف، خصوصا بعد مقولته الشهيرة على منصة رابعة العدوية ، ويواجه نفس الاتهامات عاصم عبدالماجد، القيادى بالجماعة الإسلامية.
ويواجه صبحى صالح القيادى بجماعة الإخوان ، اتهامات بالتحريض على العنف والقتل والشروع فى القتل خلال اشتباكات بين الإخوان والأهالى بالقاهرة والمحافظات ويواجه نفس الاتهامات بالقتل والتحريض على القتل وتعذيب المعتصمين كل من باسم عودة، وزير التموين السابق، وعزب مصطفى، عضو مجلس الشعب السابق، لاتهامهما بالتحريض على القتل فى أحداث الجيزة التى راح ضحيتها 7 أشخاص، ومحمود عزت، نائب المرشد العام لجماعة الإخوان، وحسام أبوبكر الصديق، عضو مكتب الإرشاد، ومحافظ القليوبية السابق، لاتهامهما بالتحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد بالمقطم يوم 30 يونيو الماضى، وامتدت اتهامات مرشد الإخوان وقيادات الجماعة إلى تورطهم فى أحداث العنف التى وقعت فى قليوب على طريق (القاهرة - الإسكندرية) الزراعى، وأصدرت النيابة قرارا بضبط 9 من قيادات الإخوان الموجودين فى اعتصام رابعة العدوية، وهم: محمد بديع، ومحمد عبدالمقصود، ومحمد البلتاجى، وصفوت حجازى، وعبدالرحمن البر، وجمال عبدالهادى، وعبدالله بركات، وباسم عودة، وأسامة ياسين، وزير الشباب السابق. وتتضمن القائمة المتهمين المطلوب ضبطهم، الإخوانى عبدالرحمن عز، ومحمود عزت، نائب المرشد العام للإخوان، وعصام سلطان وعاصم عبدالماجد، وصفوت عبدالغنى، نائب رئيس حزب البناء والتنمية، ومحمود حسين، عضو مكتب إرشاد الإخوان. كما شملت القائمة أسماء القيادات الإسلامية الممنوعة من السفر والصادر قرار من النائب العام بالتحفظ على أموالهم، ومنهم محمد محسوب، وزير شئون المجالس النيابية الأسبق، الذى طالب فى دعوى قضائية أقامها أمام مجلس الدولة ببطلان قرار منعه من السفر خارج البلاد لانعدام وجود أى مبررات أو أسانيد قانونية وشرعية. ويواجه جميع المتهمين من قيادات الإخوان والجماعة الإسلامية وحلفائهم من القوى الإسلامية تهما بالتحريض على القتل والقتل والشروع فى القتل والتحريض على العنف خلال الاشتباكات التى شهدتها القاهرة والمحافظات خلال الفترة التى أعقبت ثورة 30 يونيو وأسفرت عن وقوع عشرات القتلى ومئات المصابين، ومنها اشتباكات بين السرايات وميدان النهضة وأحداث رمسيس وحلوان وقطع الطريق الزراعى بالقليوبية واشتباكات المحافظات، بالإضافة إلى الأحداث التى شهدتها سيناء.